| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 715,012 | 1 | . | T | 7.1% | 387.4 / 22.7 | 98 | intergenic (+75/+2) | ispH/PP_0607 | 4‑hydroxy‑3‑methylbut‑2‑enyl diphosphate reductase/type IV pili biogenesis protein FimT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (46/45); new base T (2/5); total (48/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
TGGACGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATGGGCAC > NC_002947/714870‑715160 | tGGACGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTagca < 1:1918090/150‑1 (MQ=255) ggACGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTagcag < 1:979444/150‑1 (MQ=255) gACGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTagggct > 1:141228/1‑146 (MQ=255) gACGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTagcagc < 2:957361/150‑1 (MQ=255) gACGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTagcagc > 1:1276183/1‑150 (MQ=255) cGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCgg < 1:1450537/150‑1 (MQ=255) gggCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCAGCAATGACCGCTGCTAGC‑GCGGt < 2:1114505/150‑1 (MQ=255) gcgcGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGCTGCTAGC‑GCGGTCa < 2:1328748/150‑1 (MQ=255) gcgAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCAtt > 2:6987/1‑150 (MQ=255) gcgAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCAtt > 1:1451305/1‑150 (MQ=255) gcgAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCCGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGCTGCTAGC‑GCGGTCAtt < 1:1805553/150‑1 (MQ=255) agaACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAg < 2:1883285/150‑1 (MQ=255) agaACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAg < 1:691342/150‑1 (MQ=255) aaCATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGCTGCTAGC‑GCGGTCATTGcaggagc < 1:59640/150‑7 (MQ=255) cATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCAtt > 2:2090738/1‑140 (MQ=255) cATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCAtt < 1:2090738/140‑1 (MQ=255) aTCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGtcct < 1:2200157/150‑1 (MQ=255) tCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCa > 2:1372530/1‑136 (MQ=255) tCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCa < 1:1372530/136‑1 (MQ=255) tCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGtcctc > 1:1309420/1‑150 (MQ=255) tCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGATGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGtcctc > 2:369569/1‑150 (MQ=255) ccTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGt > 1:1626119/1‑150 (MQ=255) cTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTa > 2:1585673/1‑150 (MQ=255) ttttCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTaa < 2:1276183/150‑1 (MQ=255) 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> 2:1923738/1‑109 (MQ=255) gctcgctGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTc < 1:1923738/109‑1 (MQ=255) gctcgctGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAg < 2:543498/150‑1 (MQ=255) gctGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAg > 1:2074527/1‑119 (MQ=255) gctGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAg < 2:2074527/119‑1 (MQ=255) tGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGCTGCTAGC‑GCGGTCAtt < 1:2308500/99‑1 (MQ=39) tGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGCTGCTAGC‑GCGGTCAtg > 2:2308500/1‑98 (MQ=39) 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aGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTc < 2:5922/150‑1 (MQ=255) aGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTc < 2:2098899/150‑1 (MQ=255) gggCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTagcag < 2:1981651/59‑1 (MQ=255) gggCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTagcag > 1:1981651/1‑59 (MQ=255) tgctTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGAt > 1:2384741/1‑103 (MQ=255) tgctTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGAt < 2:2384741/103‑1 (MQ=255) tttGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTc > 2:852901/1‑150 (MQ=255) cAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGt > 2:1094492/1‑150 (MQ=255) aGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCa < 2:1038658/99‑1 (MQ=255) aGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCa > 1:1038658/1‑99 (MQ=255) aGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGtt > 2:2299099/1‑150 (MQ=255) aGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGtt < 1:6987/150‑1 (MQ=255) cccTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATCGCTCAAGACCTCCGTAAGCAACCTGACCCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCCGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGtttt > 1:433740/1‑150 (MQ=255) cacaAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCa > 2:2010370/1‑150 (MQ=255) gACCGTTCCTGCGATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCACTGGTCATGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGt < 2:433740/150‑1 (MQ=255) aCCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGtt < 2:176388/150‑1 (MQ=255) aCCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGtt < 1:2010370/150‑1 (MQ=255) cGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGc > 1:251432/1‑150 (MQ=255) cTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGAc < 2:2257277/150‑1 (MQ=255) aaTGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCa > 1:953193/1‑69 (MQ=255) aaTGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCa < 2:953193/69‑1 (MQ=255) aaTGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCa > 2:87425/1‑150 (MQ=255) aTGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCAt > 1:345107/1‑150 (MQ=255) tGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATg < 2:251432/150‑1 (MQ=255) gACCGCTGCTAGC‑GCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATgg > 2:1115598/1‑150 (MQ=255) gACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATgg < 2:1306890/150‑1 (MQ=255) ccGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATGGGc > 1:1887229/1‑150 (MQ=255) gc‑gcTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATGGGCAc > 2:2012545/1‑150 (MQ=255) gc‑gcTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATGGGCAc > 2:16269/1‑150 (MQ=255) | TGGACGGGCGCGAAGAGAACATCACCTTTTCAATGCCCAAAGAGCTGCGGGTTCGCTCGCTGATCTGACGGGCAGTACCGCCGCCAATGCAGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTGCGCGACACAAGACCGCTCCTGCAATGACCGC‑GCTAGCAGCGGTCATTGCTCAGGTCCTCCGTAAGCAACCTGACTCTGCCGCTTGATGCCAGCACCACCTGATATCGGCTGCGAGCAGCGGCGCGTTCGCACATTTCCAGTTTTGCGCCCAACCAGCTGTTGCCCGACGTCATGGGCAC > NC_002947/714870‑715160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |