Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 1,058,264:1 | +T | 6.4% | intergenic (‑190/+30) | PP_0914 ← / ← sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,058,264 | 1 | . | T | 6.4% | 443.8 / 22.6 | 110 | intergenic (‑190/+30) | PP_0914/sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (51/52); new base T (4/3); total (55/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGT > NC_002947/1058116‑1058409 | gCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCg > 2:1147933/1‑150 (MQ=255) cAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCgg > 1:1302714/1‑150 (MQ=255) gtgtATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGt > 2:2003443/1‑150 (MQ=255) 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aaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATgta < 1:351615/150‑1 (MQ=255) cccGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATgtagt < 1:1018117/150‑1 (MQ=255) ccGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGTTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATgta > 2:1028167/1‑147 (MQ=255) ccGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGTTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATgta < 1:1028167/147‑1 (MQ=255) ggCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCa < 1:1219953/85‑1 (MQ=255) ggCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCa > 2:1219953/1‑85 (MQ=255) 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> 1:933727/1‑128 (MQ=255) | TTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGT > NC_002947/1058116‑1058409 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |