| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,333,762:1 | +A | 7.5% | coding (82/1155 nt) | PP_1159 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,333,762 | 1 | . | A | 7.5% | 412.6 / 27.0 | 106 | coding (82/1155 nt) | PP_1159 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (48/50); new base A (4/4); total (52/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CGACCTCTACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTTGCTGCTGGGGGCGTG > NC_002947/1333616‑1333910 | cGACCTCTACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttg > 1:1321927/1‑150 (MQ=255)cGACCTCTACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttg < 2:1623695/150‑1 (MQ=255) gACCTCTACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttgg < 1:1986570/150‑1 (MQ=255) aCCTCTACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggc < 2:1067793/150‑1 (MQ=255) tctACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATtggcca > 2:1932353/1‑150 (MQ=255) tctACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggccat > 1:89430/1‑150 (MQ=255) tctACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggccat < 2:2224425/150‑1 (MQ=255) ctACGATGTCGTCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggccatg < 1:371389/150‑1 (MQ=255) tACGATGTCCCCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggccatgg < 2:538481/150‑1 (MQ=255) tACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCCAGAC‑Ttggccatgg > 2:1377701/1‑150 (MQ=255) tACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggccatgg > 1:1360500/1‑150 (MQ=255) tACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggccatgg > 1:1366510/1‑150 (MQ=255) tACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTCCCTTCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑Ttggccatgg > 1:65121/1‑150 (MQ=255) gTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCaagg < 1:968156/150‑3 (MQ=255) tCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATTGGCCATGGCCaagg < 1:1932353/150‑3 (MQ=255) tCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGATAGCGTTGCTTTTCTTAAGTATTCTTGTGTTTCTTGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATgg > 2:2201287/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAAt < 1:2037836/144‑1 (MQ=255) ccTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAAt > 2:2037836/1‑144 (MQ=255) ccTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGAGGATTTGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTgg > 1:1771155/1‑150 (MQ=255) gCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTAt < 1:1449697/150‑1 (MQ=255) gCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTAGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTAt < 1:1377701/150‑1 (MQ=255) cTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCTATGGCCAATGGCTGGATTATg > 1:1545874/1‑150 (MQ=255) cGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGcaca < 2:1360500/150‑1 (MQ=255) gCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACag > 2:718386/1‑150 (MQ=255) atgcaCCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCt < 1:876118/131‑1 (MQ=255) atgcaCCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCt > 2:876118/1‑131 (MQ=255) atgcaCCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACagag < 2:1913912/146‑1 (MQ=255) atgcaCCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACagag > 1:1913912/1‑146 (MQ=255) atgcaCCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTg > 2:2284964/1‑150 (MQ=255) tgcaCCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTgg > 2:2195755/1‑150 (MQ=255) aCCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGa > 1:1059027/1‑150 (MQ=255) ccACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTtga > 2:1418108/1‑150 (MQ=255) ccACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTtga > 1:985260/1‑150 (MQ=255) cACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTtgat < 1:2291199/150‑1 (MQ=255) gTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACagag > 2:1520289/1‑131 (MQ=255) gTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACagag < 1:1520289/131‑1 (MQ=255) tGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGcc < 2:915951/150‑1 (MQ=255) acGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCAGAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTgg > 1:1944815/1‑150 (MQ=255) cGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGa < 2:1373904/150‑1 (MQ=255) cGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGa < 2:985260/150‑1 (MQ=255) cGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGa < 1:2195755/150‑1 (MQ=255) gCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTtga > 1:1756067/1‑123 (MQ=255) gCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTtga < 2:1756067/123‑1 (MQ=255) tcttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCtt > 1:113924/1‑119 (MQ=255) tcttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCtt < 2:113924/119‑1 (MQ=255) ttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGa < 1:346360/92‑1 (MQ=255) ttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGa > 2:346360/1‑92 (MQ=255) ttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACagag > 2:338239/1‑104 (MQ=255) ttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACagag < 1:338239/104‑1 (MQ=255) ttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCCGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGca > 1:1666121/1‑99 (MQ=255) ttcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCCGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGca < 2:1666121/99‑1 (MQ=255) tcttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGAttgttg < 1:2201287/150‑1 (MQ=255) cttctCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTgg < 2:1545874/150‑1 (MQ=255) tcACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATTGGCCATGGCCaaggc < 2:1907535/82‑4 (MQ=39) tcACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATTGGCCATGGCCaaggc > 1:1907535/1‑79 (MQ=39) tcACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGat > 1:2279575/1‑150 (MQ=255) aCGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATtggccatggccagggc > 2:502438/1‑76 (MQ=255) aCGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATtggccatggccagggc < 1:502438/80‑5 (MQ=255) aCGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGAttgtt < 2:948668/142‑1 (MQ=255) aCGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGAttgtt > 1:948668/1‑142 (MQ=255) aCGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGatat < 1:1788822/150‑1 (MQ=255) aCGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGGTGGTGatat > 1:2111954/1‑150 (MQ=255) aCGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTACTTGTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGatat < 1:1840/150‑1 (MQ=255) cGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGc > 2:2136881/1‑115 (MQ=255) cGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGc < 1:2136881/115‑1 (MQ=255) gACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATtggccat > 2:622491/1‑69 (MQ=255) gACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCCATtggccat < 1:622491/69‑1 (MQ=255) aCAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAg < 1:1418108/150‑1 (MQ=255) cagTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGAATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGaa < 1:99026/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTgg < 1:1777345/150‑1 (MQ=255) ttGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGc > 1:2247025/1‑150 (MQ=255) cTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGAAATGGTTAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTc < 2:65121/150‑1 (MQ=255) ttGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGa > 1:979554/1‑87 (MQ=255) ttGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGa < 2:979554/87‑1 (MQ=255) tGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGcc < 2:1670301/102‑1 (MQ=255) tGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGcc > 1:1670301/1‑102 (MQ=255) aTTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCAc < 1:1866709/150‑1 (MQ=255) tgcctgcTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGat > 1:1504824/1‑114 (MQ=255) tgcctgcTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGat < 2:1504824/114‑1 (MQ=255) tgcctgcTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGccc > 2:609540/1‑150 (MQ=255) tgctgGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCgcgc > 2:107066/1‑150 (MQ=255) ctgGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGt < 1:1780858/59‑1 (MQ=255) ctgGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGt > 2:1780858/1‑59 (MQ=255) ctgGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTg > 1:1631150/1‑120 (MQ=255) ctgGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTg < 2:1631150/120‑1 (MQ=255) tgtTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCt < 2:2247025/150‑1 (MQ=255) ttCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTtgc < 1:2284964/150‑1 (MQ=255) ctcGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTg > 2:2225047/1‑97 (MQ=255) ctcGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTg < 1:2225047/97‑1 (MQ=255) ctcGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTATACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTtgatg > 2:267650/1‑150 (MQ=255) tcGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCttt > 2:682178/1‑115 (MQ=255) tcGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCttt < 1:682178/115‑1 (MQ=255) tcGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTtgctgc > 1:1747614/1‑150 (MQ=255) gCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGca < 1:1689233/39‑1 (MQ=255) gCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGca > 2:1689233/1‑39 (MQ=255) gCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTTGctgctg < 2:1747614/150‑1 (MQ=255) cAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGAt > 1:9275/1‑82 (MQ=255) cAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGAt < 2:9275/82‑1 (MQ=255) aaGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTTGCTGCTGGGGGc > 1:238581/1‑150 (MQ=255) cc‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTTGCTGCTGGGGGCGTg > 2:548241/1‑150 (MQ=255) | CGACCTCTACGATGTCACCCTTGGCTATCGCTTGCATGCACCTATGCCACGTTGAGGAGTTGCGAATGAACACGCTCTTCTTCTCACGACAGCAGTATTGGCTTGCGTTGATTTTCGGCTGCCTGCTGGTGTTTCTCGCTGCAAGCC‑TTGGCCATGGCCAATGGCTGGATTATGCACAGAGGGTGGCGACGCTTGATGAGCCGCTCAGCCGCTTGCGCTGGATTGTTGGTGATATCAGTGAAGTGGCTTTCTACAAGCACGAACTGCCCGCGCTGGGCTTGCTGCTGGGGGCGTG > NC_002947/1333616‑1333910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |