| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,417,338:1 | +A | 8.6% | coding (580/759 nt) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,417,338 | 1 | . | A | 8.6% | 435.3 / 36.0 | 116 | coding (580/759 nt) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (53/53); new base A (6/4); total (59/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCGAATCAGGAA > NC_002947/1417193‑1417487 | gTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCt < 2:1262723/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGt > 2:1878139/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGt < 1:2055515/150‑1 (MQ=255) tGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGc < 2:1369236/150‑1 (MQ=255) gAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTCTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCAc > 1:2090880/1‑150 (MQ=255) ttACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGtt > 1:1204049/1‑150 (MQ=255) ttACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGtt < 1:716513/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTggg > 1:121043/1‑150 (MQ=255) 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aTCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTg > 1:1106951/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGATGCGC‑GCTTTCTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTg < 2:1667491/150‑1 (MQ=255) aTCGAGGCTAACCACCGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTg < 1:286207/150‑1 (MQ=255) gCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGC‑GCGCAGCCTGGTg > 2:362486/1‑111 (MQ=255) gCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGC‑GCGCAGCCTGGTg < 1:362486/111‑1 (MQ=255) cTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTgg < 1:1084254/150‑1 (MQ=255) 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cGGATTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGt > 2:761261/1‑78 (MQ=255) ggCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCca < 2:1127876/139‑1 (MQ=255) ggCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCca > 1:1127876/1‑139 (MQ=255) ttttCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTAGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCa > 2:2339636/1‑150 (MQ=255) cTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCTC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCt > 1:909215/1‑128 (MQ=255) cTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCt < 2:909215/128‑1 (MQ=255) 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ttGAACAACCCCCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTgg < 1:994610/150‑1 (MQ=255) ttGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGTTTTGACCCGGACTgg < 2:102138/150‑1 (MQ=255) ttGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACAATTGGCCCGAAAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTgg < 1:1862305/150‑1 (MQ=255) gAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCt < 2:972180/150‑1 (MQ=255) gAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCt > 1:1029707/1‑150 (MQ=255) tcgtgcaccaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTg > 1:432133/6‑101 (MQ=38) tcgtgcaccaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTg < 2:432133/96‑1 (MQ=38) tcgtgcaccaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCtt > 2:1966534/6‑115 (MQ=255) tcgtgcaccaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCtt < 1:1966534/110‑1 (MQ=255) acaacCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACAATGAGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTcc > 1:530221/1‑150 (MQ=255) caacCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCgg > 1:1339659/1‑129 (MQ=255) caacCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCa > 2:816823/1‑150 (MQ=255) aacCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACGTGCCACACTTGGACCTCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAg < 2:207168/150‑1 (MQ=255) tgcaccaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAgg > 1:814321/3‑150 (MQ=255) caccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGATAGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGCCTCCAGGTg > 2:124628/1‑150 (MQ=255) caccaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTg > 2:1265341/1‑150 (MQ=255) ccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGGTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGa < 2:1734049/129‑1 (MQ=255) ccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGGTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGa > 1:1734049/1‑129 (MQ=255) ccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGgt < 2:1339/125‑1 (MQ=255) ccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGgt > 1:1339/1‑125 (MQ=255) caGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCg > 1:2312231/1‑150 (MQ=255) caGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCg > 1:1839883/1‑150 (MQ=255) gCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCGAAt > 2:1001841/1‑150 (MQ=255) | GTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCGAATCAGGAA > NC_002947/1417193‑1417487 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |