| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,698,856:1 | +C | 6.1% | coding (562/1014 nt) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,698,856 | 1 | . | C | 6.1% | 542.6 / 26.5 | 132 | coding (562/1014 nt) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (62/62); new base C (4/4); total (66/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGC > NC_002947/1698710‑1699005 | ggTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg‑tg > 1:1578070/1‑149 (MQ=255) tCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGAc < 1:60438/150‑1 (MQ=255) ggTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCa < 2:2163981/150‑1 (MQ=255) gTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGGATG‑TGGACCAg > 2:988752/1‑150 (MQ=255) tGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCA‑CATGCTGGACCAgc < 1:821800/150‑2 (MQ=255) ggCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgt < 1:1650502/150‑1 (MQ=255) ggCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgt < 2:1019358/150‑1 (MQ=255) gCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGttt < 1:2259490/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGGCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGc > 1:1949780/1‑150 (MQ=255) gcggcgcGAGGCTTCCCAGCTCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGc < 1:734652/147‑1 (MQ=255) gCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg > 2:2270034/1‑131 (MQ=255) gCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGc > 1:2317062/1‑150 (MQ=255) tGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAg < 2:1236617/150‑1 (MQ=255) gcgAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGGGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTACTGCTCAAGGGTTTGCCTGCAGCGCTTCCGGCAGCCATCGTGCTCGTCCAGCATG‑TGGACCAGGCGTTTGCGGCAgtag > 2:1048951/1‑147 (MQ=255) gAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATg > 2:915098/1‑150 (MQ=255) gAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATg > 1:333563/1‑150 (MQ=255) cctcgcgcAGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGCGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAAt < 1:58535/146‑1 (MQ=255) cccAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAAt < 1:206722/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATg > 2:1521292/1‑150 (MQ=255) ccAGCACCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGGGGGTGGCCCTGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGGCGGCAGCGTTTTCGGCGGCCATCGTGCTGGTTCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATg > 1:919524/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCA‑CATGCTGGACCAgca < 1:1735959/125‑3 (MQ=255) cAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCA‑CATGCTGGACCAgca > 2:1735959/1‑123 (MQ=255) aGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGc > 2:564043/1‑150 (MQ=255) gccgcGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg‑t < 1:996870/112‑1 (MQ=255) 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gcggcCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAaccac < 2:1894561/150‑1 (MQ=255) gcggcCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAaccac < 2:229491/150‑1 (MQ=255) cATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACAt > 1:1154761/1‑150 (MQ=255) tCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTc > 1:722615/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGc > 2:2269801/1‑150 (MQ=255) 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ccAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACa < 2:808656/150‑1 (MQ=255) ccAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACa < 1:1386629/150‑1 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTgcgc < 1:1049630/72‑1 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTgcgc > 2:1049630/1‑72 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTa < 2:500050/124‑1 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTa > 1:500050/1‑124 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAACAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAg > 1:2102893/1‑150 (MQ=255) cATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAAt > 2:2150222/1‑150 (MQ=255) aTG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAg < 1:77241/81‑1 (MQ=255) aTG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAg > 2:77241/1‑81 (MQ=255) aTG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATg < 1:593864/150‑1 (MQ=255) tg‑tgGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATgg > 1:2191647/1‑150 (MQ=255) tg‑tgGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCATGGAACGTGAAGTCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATgg > 2:2374859/1‑150 (MQ=255) g‑tgGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGc < 2:2191647/150‑1 (MQ=255) | GGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGC > NC_002947/1698710‑1699005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |