Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,200,006:1 | +C | 10.4% | coding (829/1278 nt) | PP_1944 → | aminomethyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,200,006 | 1 | . | C | 10.4% | 389.0 / 39.8 | 106 | coding (829/1278 nt) | PP_1944 | aminomethyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (41/54); new base C (5/6); total (46/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GTTACTGACTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCTCGCTGTTC > NC_002947/2199859‑2200155 | gTTACTGACTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑Tc < 1:895814/150‑1 (MQ=255) ttACTGACTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCg > 1:2207564/1‑150 (MQ=255) aCTGACTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAg < 2:96854/150‑1 (MQ=255) cTGACTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAgc > 1:2007466/1‑150 (MQ=255) aCTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGCGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAgctgg > 1:787205/1‑150 (MQ=255) aCTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAgctgg > 1:223806/1‑150 (MQ=255) tACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGATTCGACTTTCAAGGTTGCGGGGAGATTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGCTTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAgctgggc > 2:465183/1‑150 (MQ=255) cATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAgctgggctg > 1:1414841/1‑150 (MQ=255) 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ccAGCCCAGCTCGA‑CTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCAt < 1:554780/145‑1 (MQ=255) cAGCCCAGCTCGA‑CTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGtt > 2:321769/1‑39 (MQ=17) cAGCCCAGCTCGA‑CTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGtt < 1:321769/39‑1 (MQ=17) cAGCCCAGCTCGA‑CTGGGCTGCGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCTc < 2:784987/150‑1 (MQ=255) cAGCCCAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCTc < 1:2003789/150‑1 (MQ=255) gCCCAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCTCGc < 1:1722621/150‑1 (MQ=255) cccAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATg > 2:2237694/1‑119 (MQ=255) cccAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATg < 1:2237694/119‑1 (MQ=255) cccAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCTCGCt > 1:1788860/1‑150 (MQ=255) cccAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCTCGCt < 1:1262771/150‑1 (MQ=255) aG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCt < 1:2114259/143‑1 (MQ=255) aG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCt > 2:2114259/1‑143 (MQ=255) g‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGCTGACGTTGCAGATGTTCATGCCTCGCTGTTc < 1:917558/150‑1 (MQ=255) | GTTACTGACTACATGCCCGCGATTTTCGACCCAGAGATGGCGGGTTATCTCAAGGAATTCCGCGCGGGTATGCCAAGTTTTGCCTCGACTTTCAATGTTGCGGGGAGCTTTGAGTCGAATAAGGTAAGCGATTGGTATCGCAGCCCAG‑TCGAGCTGGGCTGGGCCAAAACCATCAAGTTCGATCACGACTTTATCGGTCGTGCCGCGTTGGAAAAAGAGGTTGCAGAGCCTCGACGGGTGATGCGCACCTTGGTTTGGAATGGTGATGACGTTGCAGATGTTCATGCCTCGCTGTTC > NC_002947/2199859‑2200155 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |