| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 743469 | 118 (1.330) | 15 (0.200) +AGGCAGGTCTGATTTCGC |
11/210 | NT | 13.0% | intergenic (+145/+129) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
| ? | NC_002947 | = 1431465 | NA (NA) | intergenic (+74/+78) | PP_1252/PP_1253 | group II intron‑encoding maturase/ArsR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATT > NC_002947/1431319‑1431614 | aaaGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCaa > 2:1916975/1‑150 (MQ=32)aaaGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCaa > 1:1214029/1‑150 (MQ=32)aaaGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAACCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGCGAGGAGGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCaa > 1:128422/1‑150 (MQ=12) gAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGcc > 1:2049195/1‑150 (MQ=34) aCTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAg < 1:1257891/150‑1 (MQ=37) cTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAgc < 1:1277765/150‑1 (MQ=38) gggACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCaa < 2:1651416/150‑1 (MQ=40) gACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAAcc > 1:206030/1‑150 (MQ=255) ccGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCt > 2:598004/1‑150 (MQ=255) ccGGCTCGGGCTGGTCTAGATACTGGATACGATTAACCGGCGTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAAcccc > 2:1236607/1‑149 (MQ=255) ggCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCa < 1:1283679/150‑1 (MQ=255) gCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAg > 2:1767058/1‑150 (MQ=255) gCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAg < 1:1815771/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTAt > 1:1793387/1‑150 (MQ=255) tctcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGCACCAAATTTAAGGCTGGTGTGAATGCGCCTACTCCTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCa > 1:420191/1‑150 (MQ=17) tACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCaa > 1:2354202/1‑126 (MQ=255) tACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCaa < 2:2354202/126‑1 (MQ=255) cTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGt < 2:206030/150‑1 (MQ=255) cggctACGAGTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTa < 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(MQ=255) ttAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCcgcg < 2:2122293/150‑1 (MQ=255) ttAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTCCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCcgcg > 1:2122293/1‑150 (MQ=255) cgcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAagag < 2:251554/150‑1 (MQ=255) cgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 2:2049195/150‑1 (MQ=255) tAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCt < 1:1717677/150‑1 (MQ=255) aaCCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCggg > 2:1859834/1‑130 (MQ=255) aaCCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCggg < 1:1859834/130‑1 (MQ=255) ccTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCa < 1:603353/132‑1 (MQ=255) ccTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCa > 2:603353/1‑132 (MQ=255) ccTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGca > 2:1784647/1‑150 (MQ=255) ccTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGca > 2:2148647/1‑150 (MQ=255) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTc < 2:622183/97‑1 (MQ=255) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTc > 1:622183/1‑97 (MQ=255) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGcac > 1:997501/1‑150 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTgg < 1:1274283/116‑1 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTgg > 2:1274283/1‑116 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGcaca > 2:827698/1‑150 (MQ=255) 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tACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGa < 1:715873/105‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCa < 2:1241251/109‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCa > 1:1241251/1‑109 (MQ=255) aCTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCa > 2:2199100/1‑63 (MQ=255) aCTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCa < 1:2199100/63‑1 (MQ=255) aCTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACg > 1:2251972/1‑150 (MQ=255) aCTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACg > 2:2270219/1‑150 (MQ=255) cTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAagag > 1:1464749/1‑73 (MQ=255) cTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAagag < 2:1464749/73‑1 (MQ=255) tCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCAc > 1:1851619/1‑107 (MQ=255) tCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCAc < 2:1851619/107‑1 (MQ=255) tCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCa > 1:1412178/1‑150 (MQ=255) tCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCa < 2:1412178/150‑1 (MQ=255) gATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAg > 1:1046034/1‑80 (MQ=255) gATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAg < 2:1046034/80‑1 (MQ=255) gATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTAcgccgc < 2:1902774/150‑1 (MQ=255) ccAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAAtt < 2:2251972/150‑1 (MQ=255) | AAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATT > NC_002947/1431319‑1431614 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |