| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,351,640 | C→G | 10.6% | V33V (GTG→GTC) | PP_2066 ← | GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,640 | 0 | C | G | 10.6% | 340.0 / 22.6 | 115 | V33V (GTG→GTC) | PP_2066 | GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/51); new base G (7/5); total (58/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAG > NC_002947/2351493‑2351789 | tgctgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCGCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGGAAAGGTAGGACAGCTCGGACTCGGTCGGCAGCAGGCTGTCTACCgggg > 2:1151970/1‑149 (MQ=255) tgctgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGt > 1:68069/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGt > 1:1381893/1‑150 (MQ=255) ctgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAg > 1:1099468/1‑150 (MQ=255) tgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGc > 2:430996/1‑150 (MQ=255) ggCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCg < 1:529142/150‑1 (MQ=255) ggCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCg < 1:511466/150‑1 (MQ=255) gCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCgg < 1:162582/150‑1 (MQ=255) gCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCgg > 2:2192959/1‑150 (MQ=255) cACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCt > 2:663346/1‑150 (MQ=255) aCCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg < 2:1381893/150‑1 (MQ=255) aCCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg < 1:820661/150‑1 (MQ=255) aCCCGGGTGCCCACGCGATTGCACCGCGACACCAGCCTTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCGGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGGTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg < 1:2017368/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGc > 2:300358/1‑150 (MQ=255) ggTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAAt < 2:115228/150‑1 (MQ=255) ccACGCGTTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCtt < 2:1795215/150‑1 (MQ=255) cACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTg < 2:2276190/150‑1 (MQ=255) cACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTg < 2:1099468/150‑1 (MQ=255) 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cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGGAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGGCACGGGGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAGTTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGa > 1:504033/1‑150 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCAt < 2:880325/91‑1 (MQ=39) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCAt > 1:880325/1‑91 (MQ=38) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCttt < 2:608966/97‑1 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCttt > 1:608966/1‑97 (MQ=255) agcctgCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCg > 2:1978457/6‑150 (MQ=255) agcagGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCg > 2:1222712/1‑150 (MQ=255) agcagGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCg > 2:1141765/1‑150 (MQ=255) agcagGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCg > 1:374129/1‑150 (MQ=255) gcagGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCgg < 1:1087855/150‑1 (MQ=255) ctgCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGt > 1:2219955/3‑111 (MQ=255) agGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGgcc > 1:1517598/1‑150 (MQ=255) ggCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCAt < 1:1010108/106‑1 (MQ=255) cTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGgccgcc < 2:1517598/150‑1 (MQ=255) cccACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCCAACGCTCCGGCCGCCcac > 2:1361902/1‑150 (MQ=255) ccACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCcaca < 1:1538545/150‑1 (MQ=255) | CGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAG > NC_002947/2351493‑2351789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |