| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,376,752 | G→A | 9.5% | intergenic (+70/‑135) | PP_2083 → / → PP_2084 | lipase/ribonuclease activity regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,376,752 | 0 | G | A | 9.5% | 313.2 / 17.4 | 114 | intergenic (+70/‑135) | PP_2083/PP_2084 | lipase/ribonuclease activity regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/51); new base A (5/6); total (57/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTA > NC_002947/2376611‑2376897 | cgcTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCCTCATCTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACg < 1:2308960/150‑1 (MQ=255) tggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGt > 1:1430780/1‑150 (MQ=255) tgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACgg > 1:1588272/1‑144 (MQ=255) tgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACgg < 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ccGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAg > 1:1816342/1‑150 (MQ=255) ctgctgCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAAc > 1:1161644/1‑131 (MQ=255) ctgctgCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAAc < 2:1161644/131‑1 (MQ=255) tgctgcCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGcc < 1:1055259/150‑1 (MQ=255) gcCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCgaga < 2:1911534/150‑1 (MQ=255) 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tGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGa < 2:1745418/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGc > 1:1973390/1‑150 (MQ=255) ttGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGcc > 1:1519805/1‑150 (MQ=255) gAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt > 2:703096/1‑138 (MQ=255) gAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt < 1:703096/138‑1 (MQ=255) 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acTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGa > 1:1994585/1‑150 (MQ=255) cTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAg < 1:158055/150‑1 (MQ=255) aCGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCa < 1:1219248/150‑1 (MQ=255) acccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt < 2:65580/57‑1 (MQ=37) acccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt > 1:65580/4‑60 (MQ=37) acccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGa < 1:776274/74‑1 (MQ=39) cgcgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgc < 1:2062534/150‑1 (MQ=255) cccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTgg < 1:836913/106‑1 (MQ=255) cccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTgg > 2:836913/3‑108 (MQ=255) gcgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgca < 2:1910664/150‑1 (MQ=255) gcgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgca < 2:1906696/150‑1 (MQ=255) ccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgca > 1:35305/2‑150 (MQ=255) cgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATAccc > 1:199412/1‑115 (MQ=255) cgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATAccc < 2:199412/115‑1 (MQ=255) cgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgcag < 2:2188290/150‑1 (MQ=255) ttCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgcagca < 1:1123172/150‑1 (MQ=255) cTGTGCATGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGCCTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTa < 1:499171/150‑1 (MQ=255) tgtgCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGtgactga < 1:1931841/126‑1 (MQ=255) tgtgCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGtgactga > 2:1931841/1‑126 (MQ=255) tgCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTc > 1:1962032/1‑82 (MQ=255) | CGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTA > NC_002947/2376611‑2376897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |