| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,386,552 | C→T | 5.1% | A199T (GCC→ACC) | PP_2094 ← | nitrate‑binding protein NasS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,386,552 | 0 | C | T | 5.1% | 333.3 / 4.5 | 109 | A199T (GCC→ACC) | PP_2094 | nitrate‑binding protein NasS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/47); new base T (2/4); total (58/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GATCGCCTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTCACCAACGCAGAAGCCGTCAATGCGCCCGGCCTGGAGGTGTGCAGCCATCTGCGCCGGTGGCACCACTACGCTGTCGACGTCGCGCAGCGGGTGAATGCCCTGGCTGGCCAGCCAGTAATACAGCCACATGGCGTGGG > NC_002947/2386409‑2386701 | gtattactggctggccagccaggcacgggacccgctgcgcgacgtcgacagcgtagtggtgccaccggcgcagatggctgcacacctccaggccgggcgcattgacggcttctgcgttggtgagccctgGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCa > 1:591‑M1/130‑150 (MQ=255)gATCGCCTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCa < 1:1562642/150‑1 (MQ=255) tCGCCTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAgg > 2:534376/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAggg < 2:929156/150‑1 (MQ=255) gCCTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGc > 2:1295550/1‑150 (MQ=255) ccTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAgg < 2:548306/147‑1 (MQ=255) ccTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAgg > 1:548306/1‑147 (MQ=255) cTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTcggcg < 2:1000274/139‑1 (MQ=255) cTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTcggcg > 1:1000274/1‑139 (MQ=255) cTTGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTc > 1:54522/1‑150 (MQ=255) cccaacAGCGCCCGTGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTCa > 2:417798/6‑150 (MQ=255) cccaacAGCGCCCGTGCGCTGATGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTCa > 1:207293/6‑150 (MQ=255) tGATCAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGCCGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCTTTTGGCCACCG‑CGTCGGTGGCCCAGGGCTCAc < 2:721321/150‑1 (MQ=255) ggctggccagccagggcattcacccgctgcgcgacgtcgacagcgtagtggtgccaccggcgcagatggctgcacacctccaggccgggcgcattgacggcttctgcgttggtgagcctttGGCCACAG‑CGTCGGCGGGCCAGggcttac > 2:1900207‑M1/122‑147 (MQ=255) ccaacAGCGCCCGTGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTCAc > 1:1460162/5‑150 (MQ=255) cAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTCACCAAc < 1:558524/150‑1 (MQ=255) cAGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTCACCAAc < 2:2355166/150‑1 (MQ=255) aGCGCACGGGCGCTGTTGGGGTATTGCTCGGCAAAGACGCGGGCGCAGGCCAGGACCTTTTCCGGGTGATCCGGCCAGATCGACTGGCTGGTGGCCAGGGTGAAGCCTTGGCCTTTGGCCACCG‑CGTCGGCGGCCCAGGGCTCACCAACg < 2:681651/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |