Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,388,379 | C→G | 7.5% | intergenic (+73/+71) | pyrD → / ← rmf | dihydroorotate dehydrogenase/ribosome modulation factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,388,379 | 0 | C | G | 7.5% | 340.3 / 15.0 | 107 | intergenic (+73/+71) | pyrD/rmf | dihydroorotate dehydrogenase/ribosome modulation factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/50); new base G (5/3); total (54/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TATACTCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAC > NC_002947/2388230‑2388526 | tataCTCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTTCAGCTGATGAGGTTTGCAAAGTCATAAAAAAGGGCCCCTTc < 2:217161/150‑1 (MQ=255) cTCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAgg < 2:2226962/150‑1 (MQ=255) tCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAggg > 1:422528/1‑150 (MQ=255) tCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAggg > 1:1359493/1‑150 (MQ=255) gggCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGc > 1:982175/1‑150 (MQ=255) gCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTGAAGGGGccc < 1:1680504/150‑1 (MQ=255) cTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAg > 1:1624388/1‑143 (MQ=255) cTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGcccc > 2:1666338/1‑150 (MQ=255) cATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGCTGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTgg < 2:2145208/150‑1 (MQ=255) cATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTgg < 1:162114/150‑1 (MQ=255) tCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGc > 1:2152107/1‑150 (MQ=255) cTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGcc < 2:2237312/150‑1 (MQ=255) tACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCt > 1:51958/1‑150 (MQ=255) tACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCt > 1:1922842/1‑150 (MQ=255) tACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCACCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCt < 2:1799697/150‑1 (MQ=255) aaaGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTcg > 2:1073357/1‑150 (MQ=255) aaGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTcgc < 1:1311353/150‑1 (MQ=255) aaGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTcgc < 2:1140955/150‑1 (MQ=255) 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2:1157301/6‑110 (MQ=255) gtcaccgcgGCATTGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTgg < 1:1157301/105‑1 (MQ=255) tcaccgcgGCATTGCCGCGATGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTaaa < 1:406461/143‑1 (MQ=255) tATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGa > 1:1311625/1‑150 (MQ=255) accgcgGCATTGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGaa > 1:1878107/3‑150 (MQ=255) accgcgGCATTGCCGCGATGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATg < 2:1956792/138‑1 (MQ=255) accgcgGCATTGCCGCGATGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATg > 1:1956792/3‑140 (MQ=255) aTCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGaa < 1:253891/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAAt > 2:5773/1‑150 (MQ=255) tCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAAt > 2:28010/1‑150 (MQ=255) cgGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCa < 1:2323285/150‑1 (MQ=255) cgGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCa < 2:2152107/150‑1 (MQ=255) cgGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCa < 1:28010/150‑1 (MQ=255) ggCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAg > 2:1423286/1‑150 (MQ=255) aaTGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTa < 2:588063/135‑1 (MQ=255) aaTGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTa > 1:588063/1‑135 (MQ=255) 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> 2:1594426/1‑150 (MQ=255) cgcccCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCg < 2:1628375/150‑1 (MQ=255) gcccCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGt > 2:230859/1‑150 (MQ=255) gcccCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGACCCTGGGCCTTCGCCCGGGGCGCTGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGt < 1:1499761/150‑1 (MQ=255) cccacTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCACCGCAATAGAGAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGt < 1:149305/146‑1 (MQ=255) ccccTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTg < 1:1594426/150‑1 (MQ=255) cccTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGccctt > 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(MQ=255) ccAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCAtt > 1:1457852/1‑150 (MQ=255) aaGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTcc > 2:1795730/1‑150 (MQ=255) aaGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGCGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCCGTCATTcc > 2:2299994/1‑150 (MQ=255) aTAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTccc > 1:1720966/1‑150 (MQ=255) tAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCa > 1:2245632/1‑150 (MQ=255) 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ttCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAc < 1:1310072/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGACGGGGCGTCACTGGTACGTGGAATTCAGTGTCCTATGGCTGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGATTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAc > 1:45532/1‑150 (MQ=255) | TATACTCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAC > NC_002947/2388230‑2388526 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |