| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,395,068 | T→A | 5.9% | N123I (AAT→ATT) | dacB ← | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,395,068 | 0 | T | A | 5.9% | 250.6 / 4.2 | 81 | N123I (AAT→ATT) | dacB | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/36); new base A (3/2); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
GCAGGGCCTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGC > NC_002947/2394919‑2395215 | gcAGGGCCTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCAt < 2:104356/150‑1 (MQ=255) aGGTCCTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTg < 2:782602/150‑1 (MQ=255) aGGGCCTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTg < 2:242754/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGgcgcg > 1:89574/1‑150 (MQ=255) cTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGGCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGACAATGgcgcg > 2:1599881/1‑150 (MQ=255) gAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCGCGCCAATGgcgtgcgc < 1:233500/150‑6 (MQ=255) aGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAgg > 2:2337259/1‑150 (MQ=255) gTTGACCAGCGGCGAGTTTGTGTTGACTAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGTGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCGAGCACGAGGTCACCGGTGACGGTGAGCTCGCGATTGGCGCGAAGGTc < 2:1093491/150‑1 (MQ=255) ttGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCa < 2:1221896/150‑1 (MQ=255) tGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCAc < 1:811028/150‑1 (MQ=255) cagcagCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCAt > 2:2225493/1‑150 (MQ=255) gcagcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATca < 1:866163/150‑1 (MQ=255) cagcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcag < 2:416858/150‑1 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGGACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca < 2:1659008/150‑1 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca > 2:794411/1‑150 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca > 1:2138595/1‑150 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca < 2:1250905/150‑1 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca < 2:2245522/150‑1 (MQ=255) cGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagcag < 1:2115660/150‑1 (MQ=255) aGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGcc > 1:1800466/1‑150 (MQ=255) tCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAATTAGCTGCAGTGATAAACTTTTACTTCTGTTTCTGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGCTCACGTATCAGCGGCcac > 1:2090212/1‑150 (MQ=255) gACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca > 2:135151/1‑137 (MQ=255) gACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca < 1:135151/137‑1 (MQ=255) gACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTc < 1:1329527/150‑1 (MQ=255) cgggAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCAACGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCGCGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCAt > 1:2269561/3‑150 (MQ=255) cAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCAt < 1:1313882/150‑1 (MQ=255) cTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGgc < 1:972504/105‑1 (MQ=255) cTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGgc > 2:972504/1‑105 (MQ=255) tGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCACTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTgg < 1:957374/150‑1 (MQ=255) gTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTggg < 1:1136983/150‑1 (MQ=255) gTTTTCACCACGCCCGTCGTTGTTGCACTGCGGCAGGTTGTGTTGCTCGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTggg < 2:523897/150‑1 (MQ=255) tttCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGt > 2:1051500/1‑150 (MQ=255) atcaCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTGTCCATGTTCAGTTTGGGGTCAcc > 1:952074/1‑150 (MQ=255) tcaCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCg > 1:2235927/1‑150 (MQ=255) 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gtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTa > 2:1693272/1‑150 (MQ=255) gtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTa > 1:1241313/1‑150 (MQ=255) gtTGAAATGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGTCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCTTGTTAAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTa > 2:1556698/1‑150 (MQ=255) ttGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTag > 1:254603/1‑150 (MQ=255) gAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTagag < 1:1822069/150‑1 (MQ=255) tcAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGt > 2:1038184/2‑150 (MQ=255) gttgggttgCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTagag < 2:1945491/138‑1 (MQ=255) gttgggttgCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTagag > 1:1945491/1‑138 (MQ=255) gttgggttgCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAg > 1:608122/1‑150 (MQ=255) ttgCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCAt < 1:2204285/75‑1 (MQ=255) ttgCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCAt > 2:2204285/1‑75 (MQ=255) 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gTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGgt < 1:1542694/134‑1 (MQ=255) gACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCa < 2:254603/150‑1 (MQ=255) cGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACt < 2:1800466/150‑1 (MQ=255) gTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTgg < 1:1187333/150‑1 (MQ=255) ctgcgcGCCAATGGCGTGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCAc < 2:2149331/140‑1 (MQ=255) ctgcgcGCCAATGGCGTGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCAc > 1:2149331/6‑145 (MQ=255) ctgcgcGCCAATGGCGTGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGaa > 1:848399/6‑150 (MQ=255) cACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGt < 1:794411/150‑1 (MQ=255) ccATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCggg < 1:754261/150‑1 (MQ=255) ccATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTCTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCTTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCggg < 2:89574/150‑1 (MQ=255) cATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGc > 1:1880272/1‑150 (MQ=255) | GCAGGGCCTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGC > NC_002947/2394919‑2395215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |