| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,395,074 | C→T | 5.3% | R121H (CGC→CAC) | dacB ← | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,395,074 | 0 | C | T | 5.3% | 217.8 / 2.6 | 75 | R121H (CGC→CAC) | dacB | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/35); new base T (2/2); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
CTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGCCAAG > NC_002947/2394926‑2395219 | cTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGgcgcg > 1:89574/1‑150 (MQ=255)cTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGGCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGACAATGgcgcg > 2:1599881/1‑150 (MQ=255) aGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAgg > 2:2337259/1‑150 (MQ=255) 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cagcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcag < 2:416858/150‑1 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGGACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca < 2:1659008/150‑1 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca < 2:1250905/150‑1 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca > 1:2138595/1‑150 (MQ=255) gcGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATcagca > 2:794411/1‑150 (MQ=255) 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gTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTggg < 1:1136983/150‑1 (MQ=255) gTTTTCACCACGCCCGTCGTTGTTGCACTGCGGCAGGTTGTGTTGCTCGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTggg < 2:523897/150‑1 (MQ=255) tttCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGt > 2:1051500/1‑150 (MQ=255) atcaCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTGTCCATGTTCAGTTTGGGGTCAcc > 1:952074/1‑150 (MQ=255) tcaCCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCg > 1:2235927/1‑150 (MQ=255) gccgTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCAcc < 1:2225493/150‑1 (MQ=255) ccgTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTCAGTCACACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCt > 1:63308/1‑150 (MQ=255) cgtcgtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTaa < 1:2337259/150‑1 (MQ=255) gtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACTGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGACACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTa > 2:1146526/1‑150 (MQ=255) gtTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTa > 2:1693272/1‑150 (MQ=255) 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gACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCa < 2:254603/150‑1 (MQ=255) cGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACt < 2:1800466/150‑1 (MQ=255) gTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTgg < 1:1187333/150‑1 (MQ=255) ctgcgcGCCAATGGCGTGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCAc < 2:2149331/140‑1 (MQ=255) ctgcgcGCCAATGGCGTGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCAc > 1:2149331/6‑145 (MQ=255) ctgcgcGCCAATGGCGTGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGaa > 1:848399/6‑150 (MQ=255) cACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGt < 1:794411/150‑1 (MQ=255) ccaatGGCGTGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCggg < 2:848399/146‑1 (MQ=255) ccATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCggg < 1:754261/150‑1 (MQ=255) ccATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTCTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCTTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCggg < 2:89574/150‑1 (MQ=255) cATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGc > 1:1880272/1‑150 (MQ=255) tGGCGCGCAGGTCACTCATCAACAGCCACAACTTTTCCATTTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGCCCaa < 1:1556698/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGCCAAg < 2:2235927/150‑1 (MQ=255) | CTTGAGGTTGACCAGCAGCGAGTCGGGCTTGACCAGGAACGGCTTGTTTTCATCACCGCCGTCGTCGTTGAACTGCGGCAGGTTGGGTTGCACGAAGTGGCTGCGGTCCAGCACCAGGTCACCGGTGACGGTGCGCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAGCAGCCACAGCTTTTCCATGTTCAGTTTGGGGTCACCGCCACCTTTAAGGTAGAGGTTACCGTTAAGCACGCCGTTGCTCAGGGTGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTTTTCCACTGGAAGGTCGGGCCAAG > NC_002947/2394926‑2395219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |