| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,403,353 | T→A | 8.1% | intergenic (‑249/‑64) | PP_2105 ← / → PP_2106 | hypothetical protein/ammonium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,403,353 | 0 | T | A | 8.1% | 265.3 / 11.0 | 86 | intergenic (‑249/‑64) | PP_2105/PP_2106 | hypothetical protein/ammonium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/45); new base A (3/4); total (37/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
TTGCGGAGCGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGGTGCTGG > NC_002947/2403205‑2403501 | ttGCGGAGCGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAtt < 2:2023331/150‑1 (MQ=255)ttGCGGAGCGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAtt < 2:2265183/150‑1 (MQ=255) cGGAGCGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCgg < 1:1481154/150‑1 (MQ=255) 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gcCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAgg > 1:427394/1‑150 (MQ=255) tgtgACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAACCCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGAt < 1:384060/150‑1 (MQ=255) gtgACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCgg < 2:1725301/140‑1 (MQ=255) gtgACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCgg > 1:1725301/1‑140 (MQ=255) aCCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAg > 2:1768317/1‑150 (MQ=255) 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aTTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCCGCAGCTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGGTGCTgg < 1:2331116/150‑1 (MQ=255) | TTGCGGAGCGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGGTGCTGG > NC_002947/2403205‑2403501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |