Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 212,560 | T→A | 6.7% | V6022V (GTT→GTA) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 212,560 | 0 | T | A | 6.7% | 265.9 / 9.4 | 90 | V6022V (GTT→GTA) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/48); new base A (4/2); total (40/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.42e-01 |
CCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGA > NC_002947/212412‑212708 | ccGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTa < 1:1383833/150‑1 (MQ=35) cGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGCCATCAAGAATTGCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTAc < 2:2393392/150‑1 (MQ=11) cGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTCCGGCGTTCTCTAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTAc < 2:2393347/150‑1 (MQ=11) cTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGc > 1:565262/1‑150 (MQ=34) tGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGcc > 2:1477770/1‑150 (MQ=35) gCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCa < 1:1477770/150‑1 (MQ=35) ccACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAg > 2:1385553/1‑150 (MQ=34) ccACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAg > 1:2332804/1‑150 (MQ=35) tCACTGCCGCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGc < 2:2258571/150‑1 (MQ=25) aCTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAGGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCg < 1:1296549/150‑1 (MQ=25) aCTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTccgccg < 2:2332804/150‑1 (MQ=25) aCTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCg < 2:1051969/150‑1 (MQ=35) aCTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCg > 2:1976614/1‑150 (MQ=35) cTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGNCAAGACNCCGGTCAGCACGNCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCgg < 1:2144777/150‑1 (MQ=17) cTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCgg < 2:1415024/150‑1 (MQ=35) cccGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAg < 1:1880366/137‑1 (MQ=37) cccGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAg > 2:1880366/1‑137 (MQ=37) aTAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCgg < 1:680907/141‑1 (MQ=35) aTAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCgg > 2:680907/1‑141 (MQ=35) gTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGc > 2:310729/1‑147 (MQ=35) gTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGc < 1:310729/147‑1 (MQ=35) gTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGAc > 1:938643/1‑150 (MQ=35) gTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGAc < 1:351585/150‑1 (MQ=34) gTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGAc > 2:857268/1‑150 (MQ=35) ggCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAg < 1:1976614/150‑1 (MQ=35) caACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCAc < 1:1720818/150‑1 (MQ=35) caACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCAc > 1:337699/1‑150 (MQ=35) caACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCAc > 1:337792/1‑150 (MQ=35) aCGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCa < 2:1919090/150‑1 (MQ=35) cTGTCGTGTTGCCGGTCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGTACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGACGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCAccg < 2:61140/150‑1 (MQ=11) cTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGAAGCCTGGCAGCACGTCGGTTACAGCAGAGTTAGGTACTCCAGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCAccg > 1:2342025/1‑150 (MQ=11) tGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCAccgc > 1:1462748/1‑150 (MQ=38) tGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGa < 1:1385553/150‑1 (MQ=38) tCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGAcc > 1:306855/1‑150 (MQ=40) tCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCCCCGCCGACCAGACCTCgg < 1:1400096/150‑1 (MQ=255) cGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGt < 1:784781/150‑1 (MQ=255) tACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCggg > 1:445441/1‑96 (MQ=39) tACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCggg < 2:445441/96‑1 (MQ=39) tACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGc > 2:1390892/1‑150 (MQ=255) tACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGc > 2:1579815/1‑150 (MQ=255) tACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTAACcgacgtg > 2:619450/1‑80 (MQ=255) tACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTAACcgacgtg < 1:619450/82‑3 (MQ=255) cGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCga < 2:1646627/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCga < 2:2128236/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCga > 1:1646627/1‑150 (MQ=255) ttGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGAcc > 2:2040387/1‑137 (MQ=40) ttGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGAcc < 1:2040387/137‑1 (MQ=40) ggTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCaa < 2:2163060/107‑1 (MQ=33) ggTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCaa < 2:2163101/107‑1 (MQ=33) ggTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCaa > 1:2163060/1‑107 (MQ=33) ggTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCaa > 1:2163101/1‑107 (MQ=33) gCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAg < 2:1594064/150‑1 (MQ=40) cGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGc < 2:337792/150‑1 (MQ=40) cGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGc < 2:337699/150‑1 (MQ=40) gATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCCCGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAgg < 2:1352992/89‑1 (MQ=18) gATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAgg > 1:1352992/1‑89 (MQ=33) ggCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTc > 2:851162/1‑150 (MQ=40) ggCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTc < 2:306855/150‑1 (MQ=255) gTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCg > 1:2019413/1‑118 (MQ=38) gTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCg < 2:2019413/118‑1 (MQ=37) gAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCAc > 1:2135584/1‑150 (MQ=40) tGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCa > 2:1773692/1‑135 (MQ=38) tGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCa < 1:1773692/135‑1 (MQ=38) gACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCa > 1:309255/1‑150 (MQ=37) cGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGc < 2:938643/150‑1 (MQ=35) gCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCGTCACCGCCGACCAGACATCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGcc > 2:2271412/1‑150 (MQ=255) tGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCa > 2:4663/1‑145 (MQ=35) tGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCa < 1:4663/145‑1 (MQ=35) gACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCAccgc < 1:34051/86‑1 (MQ=33) gACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCAccgc > 2:34051/1‑86 (MQ=33) gACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTg < 1:449890/150‑1 (MQ=34) aCAAGGCGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTgg < 2:606433/150‑1 (MQ=21) aaGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGcc > 2:1941709/1‑150 (MQ=35) gACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGCTGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGCCCAGACCTCGGTGTCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCa < 1:1132333/150‑1 (MQ=255) gACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCa > 1:1618642/1‑150 (MQ=35) cGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACg < 2:309255/150‑1 (MQ=35) gCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATGACCGCCGACAAGACCACGGTGGCCGAGACCGTCCAGACGACCTTCCCCGTGCAAGTCAAGCGGCTGCTGGCCCACGa > 1:662868/1‑150 (MQ=11) gCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGa > 1:18204/1‑150 (MQ=35) cAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGt < 1:1390892/150‑1 (MQ=35) ggctcGTCGGTAACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGAcc < 2:407111/141‑1 (MQ=12) ggctcGTCGGTAACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGAcc > 1:407111/5‑145 (MQ=12) tcGTCGGTAACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTg > 2:2400752/2‑150 (MQ=17) tcGTCGGTAACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTg > 2:1591128/2‑150 (MQ=17) acttCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTg < 2:2342025/147‑1 (MQ=21) cGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCGTCACCGCCGACCAGACATCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGa < 1:2271412/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGa < 1:1579815/150‑1 (MQ=35) cGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCAGGTCGTgg < 1:857268/150‑2 (MQ=21) cGTCAGTTACCGACGAGCCGCGTACGCCGGGTCACGGAGGCGGCCTGGTCAAGGTCACCAGCAGCGCCGACCAGCCCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCAGGTCGTgg < 2:236749/150‑2 (MQ=11) gTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGAcc < 1:2104939/71‑1 (MQ=35) gTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGAcc > 2:2104939/1‑71 (MQ=35) ttACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGa > 2:764506/1‑150 (MQ=34) gtACCGACGAGCAAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGa < 2:1030532/149‑1 (MQ=17) | CCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGA > NC_002947/212412‑212708 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |