Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,457,380 | A→G | 5.8% | A136A (GCA→GCG) | PP_2150 → | thiamine biosynthesis lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,457,380 | 0 | A | G | 5.8% | 310.1 / 6.2 | 106 | A136A (GCA→GCG) | PP_2150 | thiamine biosynthesis lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/47); new base G (3/3); total (55/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGCCATGG > NC_002947/2457231‑2457528 | ctGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCa < 1:2075440/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGTTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCAc > 1:70766/1‑150 (MQ=255) gccTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGc > 2:2100698/1‑150 (MQ=255) 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ccACAGGCAATGCCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCACTGTGCAAGCATGACCCGGTGCAGCTCGTCT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAg < 1:1099715/150‑1 (MQ=255) cacaGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAgg < 1:1095806/150‑1 (MQ=255) cacaGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAgg > 1:1778816/1‑150 (MQ=255) cacaGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAg < 1:1985748/149‑1 (MQ=255) ccacaCGCTGGCGCACCTGGGCCAGTGTGTGGGTTACCAGTACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAg < 2:343610‑M1/83‑1 (MQ=255) ccacaCGCTGGCGCACCTGGGCCAGTGTGTGGGTTACCAGTACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAg > 1:343610‑M1/6‑88 (MQ=255) acaGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCCAGGTTGTCACGGTGCAAC‑CGTTTATCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGc < 1:2100698/150‑1 (MQ=255) acaGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGc > 1:2160853/1‑150 (MQ=255) acaGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGc > 1:1701055/1‑150 (MQ=255) ggCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGCCAt < 1:836975/150‑1 (MQ=255) ggCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGCCAt > 1:2081610/1‑150 (MQ=255) CACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGCCATgg > 2:1301822‑M1/1‑150 (MQ=255) | CTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGTGGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACT‑TCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGCGCCTGCAGGCCATGG > NC_002947/2457231‑2457528 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |