| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,467,998 | T→A | 6.2% | intergenic (+14/+18) | queF → / ← PP_2161 | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,467,998 | 0 | T | A | 6.2% | 283.8 / 6.1 | 92 | intergenic (+14/+18) | queF/PP_2161 | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/47); new base A (3/3); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTCC > NC_002947/2467853‑2468145 | tttaataaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGc < 2:1940443/144‑1 (MQ=255) gaagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCgg < 2:145634/150‑1 (MQ=255) aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCTTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGc < 1:291725/150‑1 (MQ=255) aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGc < 1:1765417/150‑1 (MQ=255) aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGc > 2:1358762/1‑150 (MQ=255) aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTGTGCGGc > 1:457858/1‑150 (MQ=255) aaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGcccc < 1:997239/150‑1 (MQ=255) aTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccccc < 1:1459171/150‑1 (MQ=255) tCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCg > 1:1645942/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccc > 1:1391870/1‑147 (MQ=255) tCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGCCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccc < 2:1391870/147‑1 (MQ=255) tgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAtt > 2:1371392/1‑150 (MQ=255) aGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCa < 1:1063151/150‑1 (MQ=255) 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tACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgtt > 1:993990/1‑142 (MQ=255) tACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTg < 2:1990081/150‑1 (MQ=255) tACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTg < 2:510483/150‑1 (MQ=255) ggggCCGCAAAGCGGCCCCCGCTACTTCAGAGCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTg > 2:1482604/1‑150 (MQ=255) gggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgtt < 1:922962/139‑1 (MQ=255) gggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgtt > 2:922962/1‑139 (MQ=255) cGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGt < 2:2274889/66‑1 (MQ=255) cGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGt > 1:2274889/1‑66 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGGGCGCTTGGTGGTCGGCCTCGACGCGCTTGATTGGCATGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTcc > 1:1740288/1‑150 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTcc > 1:1634156/1‑150 (MQ=255) | TTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTCC > NC_002947/2467853‑2468145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |