| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,483,443 | T→A | 5.2% | L89Q (CTG→CAG) | puuA‑I → | glutamate‑putrescine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,483,443 | 0 | T | A | 5.2% | 346.0 / 5.3 | 111 | L89Q (CTG→CAG) | puuA‑I | glutamate‑putrescine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/55); new base A (3/3); total (53/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTGG > NC_002947/2483297‑2483587 | cTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGt < 1:2319051/150‑1 (MQ=255)cTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGATGCCCGGCGCCTGGt < 1:1646775/150‑1 (MQ=255) ccATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCgg < 2:237789/150‑1 (MQ=255) 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cccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGc > 2:440239/1‑150 (MQ=255) cccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGc > 2:200579/1‑150 (MQ=255) ccGGCACCAGGCGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCg > 1:1320953/1‑150 (MQ=255) ggCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TTCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTg < 2:1530015/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTg > 2:2259609/1‑150 (MQ=255) ggCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTg < 1:369454/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGTGCCGGGTACGCTGAGGACGGTGAGCTGGGAAACGGAGGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGGCGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGGGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTgg < 1:1364643/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTgg < 2:186577/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTg < 1:1458523/146‑1 (MQ=255) ccTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTg > 2:1458523/1‑146 (MQ=255) | CTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGA‑TGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTGG > NC_002947/2483297‑2483587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |