| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,509,938 | T→A | 5.8% | Q40L (CAG→CTG) | copB‑I ← | copper resistance protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,509,938 | 0 | T | A | 5.8% | 224.5 / 2.9 | 69 | Q40L (CAG→CTG) | copB‑I | copper resistance protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/29); new base A (2/2); total (38/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
TTCAGCGCCCGGTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTC > NC_002947/2509791‑2510087 | ttCAGCGCCCGGTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGa < 1:152503/150‑1 (MQ=255) cgcCCGGTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGcc < 1:610844/150‑1 (MQ=255) tCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTgg > 2:956012/1‑150 (MQ=255) 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tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTc < 1:454853/150‑1 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTc < 1:2200323/150‑1 (MQ=255) ggCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCg < 2:95961/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGaa > 2:553413/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGaa > 1:979561/1‑149 (MQ=255) 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ggcaggGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCagcagc < 2:992378/150‑1 (MQ=255) gcaggGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAgcg > 2:607891/1‑150 (MQ=255) caggGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCATGATGGACCATCTCGACCTGGTTCGTGTGTCCGGCGCCAGATGCCAGGGTGCGTTCACTGGCGAGGAAGGTCAGCAgcgc < 2:398154/150‑1 (MQ=255) gggCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCAc > 1:1950350/1‑150 (MQ=255) gTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCt < 2:1950350/150‑1 (MQ=255) 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1:1680304/150‑1 (MQ=255) ccgatctcTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGtcattcat < 2:420899/143‑1 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAAc < 1:1988467/66‑1 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAAc > 2:1988467/1‑66 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCg > 2:97309/1‑150 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCg > 2:1881221/1‑150 (MQ=255) cATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGa > 2:1010311/1‑150 (MQ=255) 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tttCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTCGCGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGt < 1:1871083/150‑1 (MQ=255) tttCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCCGCCATCGCCCGTTCACTGCCGAGCAATGGCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGAGGTTGGCGCAGTCATTCCTTGAcgcgc > 2:1119966/1‑149 (MQ=255) tttCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGACTGCGGTTCGTCAGCTTGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATcagatcgg > 1:420899/1‑143 (MQ=255) tGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTc > 1:2193338/1‑150 (MQ=255) ggTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTcg < 1:2217660/150‑1 (MQ=255) 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tGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGc > 2:481518/1‑150 (MQ=255) gaaccacggCCAGATGGGCCATCAGGCCATGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGc > 2:2083672/8‑150 (MQ=255) aTGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGcc > 1:980927/1‑150 (MQ=255) tGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCg < 2:896211/150‑1 (MQ=255) ggCCAGATGGGCCATCAGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGc < 1:94523/143‑1 (MQ=255) ggCCAGATGGGCCATCAGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGc > 2:94523/1‑143 (MQ=255) gCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGt > 1:895005/1‑150 (MQ=255) tGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGtctc > 2:285060/1‑150 (MQ=255) | TTCAGCGCCCGGTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTC > NC_002947/2509791‑2510087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |