| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,509,944 | C→G | 5.6% | G38A (GGC→GCC) | copB‑I ← | copper resistance protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,509,944 | 0 | C | G | 5.6% | 227.2 / 3.6 | 72 | G38A (GGC→GCC) | copB‑I | copper resistance protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/29); new base G (2/2); total (40/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
CGCCCGGTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTCCATGTG > NC_002947/2509796‑2510093 | cgcCCGGTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGcc < 1:610844/150‑1 (MQ=255) tCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTgg > 2:956012/1‑150 (MQ=255) tGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCg > 2:281707/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGt > 1:2019930/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCAGATGGGCCATCAGGccat < 2:1529583/150‑3 (MQ=255) cgcCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTg > 2:2214324/1‑150 (MQ=255) cgcCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTg < 1:599289/150‑1 (MQ=255) gcCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTgg > 2:316890/1‑150 (MQ=255) ccTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCgtgtgt > 1:1723552/1‑150 (MQ=255) ccTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCgtgtgt > 2:1554689/1‑150 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTc < 1:454853/150‑1 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTc > 1:881636/1‑150 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTc < 1:2200323/150‑1 (MQ=255) 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2:420899/143‑1 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAAc < 1:1988467/66‑1 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAAc > 2:1988467/1‑66 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCg > 2:97309/1‑150 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCg > 2:1881221/1‑150 (MQ=255) cATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGa > 2:1010311/1‑150 (MQ=255) aTGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGtcattcat < 1:1596082/146‑1 (MQ=255) 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tttCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCCGCCATCGCCCGTTCACTGCCGAGCAATGGCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGAGGTTGGCGCAGTCATTCCTTGAcgcgc > 2:1119966/1‑149 (MQ=255) tttCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGACTGCGGTTCGTCAGCTTGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATcagatcgg > 1:420899/1‑143 (MQ=255) tGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTc > 1:2193338/1‑150 (MQ=255) ggTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTcg < 1:2217660/150‑1 (MQ=255) gTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTcgc > 1:439574/1‑150 (MQ=255) 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cccATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTCCAtgtg < 2:439574/150‑1 (MQ=255) | CGCCCGGTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTCCATGTG > NC_002947/2509796‑2510093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |