| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,510,290 | A→G | 6.0% | V495A (GTG→GCG) ‡ | copA‑I ← | copper resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,510,290 | 0 | A | G | 6.0% | 299.8 / 6.4 | 102 | V495A (GTG→GCG) ‡ | copA‑I | copper resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/38); new base G (2/4); total (58/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ACCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTG > NC_002947/2510143‑2510436 | aCCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcg > 1:794989/1‑150 (MQ=255) cccGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcgc < 1:1182985/150‑1 (MQ=255) cccGGTAGGTGCGACGGCGGTCGGGCGGGATAGCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcgc < 2:1944090/150‑1 (MQ=255) 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> 2:418819/1‑148 (MQ=255) cTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCCGGTGGATTGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGaa < 2:1999375/150‑1 (MQ=255) cTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGaa > 2:751256/1‑150 (MQ=255) tCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGAc < 1:616139/141‑1 (MQ=255) tCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGAc > 2:616139/1‑141 (MQ=255) gTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGAGCGTGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAgag > 1:1999375/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCGCGGTGGCACGCGATGGCGGGCGACCGt > 1:1963718/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc < 2:897251/150‑1 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc > 1:1631589/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc < 1:58703/150‑1 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATCCGCACGGGG‑TCACTGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGGCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGGCCGTcc < 2:2196989/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAg > 2:763385‑M1/4‑79 (MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg < 2:462075‑M1/147‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCTTTTAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg > 1:1869218/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGa > 1:26598/1‑136 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGa < 2:26598/136‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg > 2:146464/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg < 2:1636004/150‑1 (MQ=255) gggTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGt < 1:599338/150‑1 (MQ=255) GGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGAt < 2:915787‑M1/60‑1 (MQ=255) GGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGAt > 1:915787‑M1/1‑60 (MQ=255) TGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAgg > 2:1631589‑M1/1‑150 (MQ=255) cgcACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTg > 2:716792/1‑150 (MQ=255) | ACCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTG > NC_002947/2510143‑2510436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |