| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,573,599 | A→G | 5.2% | E104E (GAA→GAG) | PP_2257 → | aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,573,599 | 0 | A | G | 5.2% | 417.2 / 6.6 | 137 | E104E (GAA→GAG) | PP_2257 | aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/54); new base G (5/2); total (81/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TGGTGCGCCACCCGGACATGCCGCCGGCGGTGTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGC > NC_002947/2573451‑2573748 | cACCCGGACATGCCGCCGGCGGTGTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTAGGTCAATGCCTACGTCACGCCCACCTTCGAGGATGGGCgt < 2:2075254/150‑2 (MQ=255) ccGGACATGCCGCCGGCGGTGTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAg < 2:775525/139‑1 (MQ=255) ccGGACATGCCGCCGGCGGTGTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAg > 1:775525/1‑139 (MQ=255) ccGGACATGCCGCCGGCGGTGTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTa > 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tacccGCCCACCTTCGAGGATGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCTAGTAGCCCGTACCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTg > 1:1314782/5‑150 (MQ=255) cccGCCCACCTTCGAGGATGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCt > 1:222022/3‑150 (MQ=255) cACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCt > 1:2188198/1‑150 (MQ=255) ccGCCCACCTTCGAGGATGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCt < 1:536731/139‑1 (MQ=255) aCGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTg < 2:2188198/150‑1 (MQ=255) aCGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTg < 2:356032/150‑1 (MQ=255) aCGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTg > 1:156370/1‑150 (MQ=255) gCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCAt < 2:1249546/119‑1 (MQ=255) cccATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATg > 1:839740/1‑50 (MQ=255) aTCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAg < 2:561046/150‑1 (MQ=255) aTCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAg < 1:132437/150‑1 (MQ=255) aTCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAg > 2:2057656/1‑150 (MQ=255) tCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAgg < 1:1737723/150‑1 (MQ=255) cTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggcc > 2:418546/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATgcgc > 2:946679/1‑87 (MQ=255) tCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATgcgc < 1:946679/87‑1 (MQ=255) tCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggcct > 1:1384075/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggcct > 2:88634/1‑150 (MQ=255) gAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggccttg < 2:156370/150‑1 (MQ=255) aGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggccttggc < 2:1983676/150‑1 (MQ=255) aGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggccttggc < 2:974219/150‑1 (MQ=255) | TGGTGCGCCACCCGGACATGCCGCCGGCGGTGTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGC > NC_002947/2573451‑2573748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |