| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,578,493 | T→G | 7.1% | intergenic (‑56/‑141) | PP_2259 ← / → PP_2260 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator/glycerol‑phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,578,493 | 0 | T | G | 7.1% | 213.8 / 3.8 | 77 | intergenic (‑56/‑141) | PP_2259/PP_2260 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator/glycerol‑phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/37); new base G (4/2); total (38/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCGGCAGCGGTCCCAGGACGCCTGGATCAGTTGGGTGTGGGTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGACAACAATCACAAAAAGGCCACGCCATGT > NC_002947/2578349‑2578637 | gcgcGGCAGCGGTCCCAGGACGCCTGGATCAGTTGGGTGTGGGTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAgc < 2:1652745/150‑2 (MQ=255) ggCAGCGGTCCCAGGACGCCTGGATCAGTTGGGTGTGGGTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTtgtg > 1:543847/1‑150 (MQ=255) ggTCCCAGGACGCCTGGATCAGTTGGGTGTGGGTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGa < 1:1183406/150‑1 (MQ=255) 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1:949030/150‑1 (MQ=255) ggTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCa < 1:1577562/150‑1 (MQ=255) ggTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCa < 2:2314785/150‑1 (MQ=255) gTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAg > 2:901652/1‑150 (MQ=255) gAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGACACTGGCCAGttt < 1:327593/107‑2 (MQ=255) gAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGACACTGGCCAGttt > 2:327593/1‑106 (MQ=255) ggATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCa < 1:1940455/150‑1 (MQ=255) gATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCAc > 2:942377/1‑150 (MQ=255) gCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTg > 1:1805675/1‑140 (MQ=255) gCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTg < 2:1805675/140‑1 (MQ=255) ccATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGcc > 1:608317/1‑150 (MQ=255) tGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTCCTCACGTGCGAGCCCGCGGTTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCg > 1:752022/1‑150 (MQ=255) gCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAAc > 1:1052119/1‑150 (MQ=255) gtcctgtGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTgtgt < 1:247549/98‑1 (MQ=255) gtcctgtGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTgtgt > 2:247549/1‑98 (MQ=255) gtcctgtGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCaga < 2:2176304/150‑1 (MQ=255) gtcctgtGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCAAGGCTGATAATTGATTACCCGCCCAGTCTCCGCTTTTGGCGTGATTGTGGTTATGCGCTTGCCCGCGAGTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCaga < 2:1478626/150‑1 (MQ=255) tcctgtGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCagag > 1:996169/1‑150 (MQ=255) 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ttCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAg > 1:1366293/1‑128 (MQ=255) ttCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAg < 2:1366293/128‑1 (MQ=255) tCAGTGTTTTTCACGGCGGTTCATTGTCAAACTGACCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGACCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTAc < 2:231907/150‑1 (MQ=255) cAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTAcc < 2:1052119/150‑1 (MQ=255) aGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGAtt < 1:2011296/57‑1 (MQ=255) aGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGAtt > 2:2011296/1‑57 (MQ=255) tgttgtTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACt > 1:2085521/1‑138 (MQ=255) tgttgtTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACt < 2:2085521/138‑1 (MQ=255) tgttgtTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTACCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCgg > 1:1265666/1‑150 (MQ=255) gttgttCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGc > 2:403524/1‑150 (MQ=255) ttgttCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCa < 1:942377/150‑1 (MQ=255) tgttCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCTATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAg > 2:1665729/1‑120 (MQ=255) tgttCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAg < 1:1665729/120‑1 (MQ=255) ttCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCAAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGac < 1:1577210/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTCGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGCCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGac > 2:533916/1‑150 (MQ=255) tCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCAc > 1:388935/1‑88 (MQ=255) tCACGGCTGTTAATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCAc < 2:388935/88‑1 (MQ=255) cGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGacaaca > 2:931911/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGAGTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAGCTGGCTGTACCCGGCAGACGACAAt < 2:996169/150‑1 (MQ=255) gTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTTCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCGCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGACCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGACAACAATCACaaaaaag > 1:2129340/1‑148 (MQ=255) tCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCa < 1:1288130/75‑1 (MQ=255) tCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCa > 2:1288130/1‑75 (MQ=255) caaCTGGACACTGGCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCt < 2:375009/117‑1 (MQ=255) caaCTGGACACTGGCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCt > 1:375009/2‑118 (MQ=255) aaaCTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTg > 2:1413934/1‑115 (MQ=255) aaaCTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTg < 1:1413934/115‑1 (MQ=255) aaaCTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGGGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGACCCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGACAACAATCACAAAAAGGCCa < 1:345817/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCa > 2:145337/1‑72 (MQ=255) aaCTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCa < 1:1349205/72‑1 (MQ=255) aaCTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCa < 1:145337/72‑1 (MQ=255) aaCTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCa > 2:1349205/1‑72 (MQ=255) aaCTGGACAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTCCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCCGTGACGGGGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGACAACAATCACAAAAAGGCCAc < 1:1354924/150‑1 (MQ=255) aaCTGGACACTGGCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGACAACAATCACAAAAAGGCCAc > 2:1001650/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCg > 2:1013666/1‑89 (MQ=255) tGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCg < 1:1013666/89‑1 (MQ=255) cAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCACGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGACAACCAACACAAAAAGGCCACCGCATGt > 1:914668/1‑150 (MQ=255) tCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCt > 1:1904772/1‑105 (MQ=255) tCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCt < 2:1904772/105‑1 (MQ=255) | GCGCGGCAGCGGTCCCAGGACGCCTGGATCAGTTGGGTGTGGGTCGAAGCGGATGCGGCCATGGGCCTGTCCTGTGTGATTGTTGTCATGGGTCGACCGCCGTTCAGTGTTGTTCACGGCTGTTCATTGTCAAACTGGCCAGTGTCCAGTTGTGCAGTGATTGTGTTCACGTGCGAGCCCGCGATTTGCCAGCGCTGCCACCCAGGCCCCGAACCAGAGCATCGGGCAAGGACTGGCACGGAACTGGCTGTACCCGGCAGACAACAATCACAAAAAGGCCACGCCATGT > NC_002947/2578349‑2578637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |