| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,708,585 | A→G | 7.1% | W223R (TGG→CGG) | cysI ← | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,708,585 | 0 | A | G | 7.1% | 280.2 / 9.0 | 98 | W223R (TGG→CGG) | cysI | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/49); new base G (4/3); total (46/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGC > NC_002947/2708438‑2708733 | ccATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACg > 2:2344236/1‑150 (MQ=255) cATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCaagc < 1:695904/150‑4 (MQ=255) aggCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGa > 1:1509087/2‑150 (MQ=255) ggCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGTTCCTGCCGTGGCAGGac < 2:237256/150‑2 (MQ=255) ggCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCGTGGCAGGac < 1:806159/150‑2 (MQ=255) gACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGtt < 2:1694829/150‑1 (MQ=255) ttCGGCGAACACTTCCGGGCTAAGGGCCTTTGCCAGGATCTTGATCCGAGCCTTGTACTGGTGGACATCGCCTTTGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGaa < 1:43762/150‑1 (MQ=255) tCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTGGCGGGGGCCGTAACGGTTGTAGACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGGTCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑c < 1:318448/150‑1 (MQ=255) tCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑c < 2:1173558/150‑1 (MQ=255) acaacTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCCTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACCGCAGGAACTCGCTGATGAA‑‑CGAAccc > 2:2402316/4‑150 (MQ=255) acTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAAAGGTTGTACACACGCATGTTAGCGGCTTGGTAGCTGATCATGTCCGTGCACGGCATGGACTCGGTGATGAA‑‑CGAGCccaac > 2:1109527/1‑148 (MQ=255) ttCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGtt > 2:1211601/1‑132 (MQ=255) ttCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGtt < 1:1211601/132‑1 (MQ=255) ttCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtgat < 2:290990/135‑1 (MQ=255) ttCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtgat > 1:290990/1‑135 (MQ=255) tCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCaccacc > 2:343213/1‑150 (MQ=255) cGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCgg < 1:1109527/150‑1 (MQ=255) gggTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCgggg > 1:243535/1‑150 (MQ=255) gTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCg > 2:1155832/1‑145 (MQ=255) 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ttGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGaa < 1:766853/86‑1 (MQ=255) gTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGcc < 2:1101279/150‑1 (MQ=255) gttggttgtCACGGCGACGGTAAAGATTGTACGCGCGCAGGATGGGGGCGAGGTAGCTGATCAGGGCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCa < 2:463973/146‑1 (MQ=255) cTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTAc < 2:1786093/113‑1 (MQ=255) cTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTAc > 1:1786093/1‑113 (MQ=255) ttgttgTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATTAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGt > 2:763176/1‑150 (MQ=255) 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gttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTg > 1:1828055/3‑130 (MQ=255) gttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTg < 2:1828055/128‑1 (MQ=255) gttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGATGAAGTCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGt > 2:2371189/3‑150 (MQ=255) ttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTc > 2:1246749/2‑150 (MQ=255) tCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGc < 2:2250500/58‑1 (MQ=255) tCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGc < 2:2250003/58‑1 (MQ=255) tCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGc > 1:2250003/1‑58 (MQ=255) tCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGc > 1:2250500/1‑58 (MQ=255) cTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTc > 2:838136/1‑150 (MQ=255) cTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTc < 2:620641/150‑1 (MQ=255) gCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCt < 2:2183640/150‑1 (MQ=255) ccACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGCTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGCCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTGTTCCTg > 2:30244/1‑150 (MQ=255) ccACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCAACCACGTACCAGCCCACGGAAGCCCAGTTCGCCGCCAGCGTTGCGCACCAACTCAAGGCCAACGTCGCGGAACTCGATGGCGGGGCGGTGTTGCTg > 2:113489/1‑150 (MQ=255) aCGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGc > 1:1849202/1‑149 (MQ=255) aCGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGc < 2:1849202/149‑1 (MQ=255) | CCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAA‑‑CGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGC > NC_002947/2708438‑2708733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |