| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,772,320 | T→C | 6.6% | Q180R (CAG→CGG) | PP_2425 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,772,320 | 0 | T | C | 6.6% | 297.8 / 7.0 | 101 | Q180R (CAG→CGG) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/48); new base C (4/3); total (50/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGG > NC_002947/2772175‑2772469 | gAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCgg > 1:2129260/1‑150 (MQ=255) ggTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGcc > 2:120780/1‑150 (MQ=255) gAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCgcgc > 2:2379049/1‑150 (MQ=255) aaaCGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCa > 2:1525459/1‑150 (MQ=255) aaCGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAg > 1:623050/1‑150 (MQ=255) gCTCCTGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAgcgc < 1:614177/150‑1 (MQ=255) tCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCgg < 2:297506/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAg < 1:2379049/150‑1 (MQ=255) 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cTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCgg < 1:1407879/150‑1 (MQ=255) cTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCgg < 2:623050/150‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCggg < 1:1525459/150‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGAAAAACCCCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCggg < 2:2080863/150‑1 (MQ=255) tCGCACAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGAAAGGAGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACGAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCgcg > 1:1172286/1‑148 (MQ=255) 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1:845214/1‑150 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCAGCGCAGCGCAGGATACAGCACCTTGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTACTGCCGCCAGTGCAGCCGCCGGTCCACACACTGGCGCAGCGGATCATCCGGTGCCGCCGAGGTCATCGa > 2:760207/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGa < 1:449934/139‑1 (MQ=255) cGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGa > 2:449934/1‑139 (MQ=255) ccTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCg < 2:385722/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTAAAGCGGGTCCTTCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCg < 2:1399485/150‑1 (MQ=255) cTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCgg > 2:1154807/1‑150 (MQ=255) cTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCgg < 2:1187542/150‑1 (MQ=255) tGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCggg < 1:1913260/150‑1 (MQ=255) | GAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGG > NC_002947/2772175‑2772469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |