Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,772,323 | G→A | 6.0% | P179L (CCG→CTG) | PP_2425 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,772,323 | 0 | G | A | 6.0% | 295.9 / 6.9 | 100 | P179L (CCG→CTG) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/49); new base A (3/3); total (48/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGG > NC_002947/2772175‑2772469 | gAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCgg > 1:2129260/1‑150 (MQ=255) ggTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGcc > 2:120780/1‑150 (MQ=255) gAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCgcgc > 2:2379049/1‑150 (MQ=255) aaaCGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCa > 2:1525459/1‑150 (MQ=255) aaCGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAg > 1:623050/1‑150 (MQ=255) gCTCCTGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAgcgc < 1:614177/150‑1 (MQ=255) tCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCgg < 2:297506/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAg < 1:2379049/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCCGCAGGCcggtgt > 1:2019217/1‑132 (MQ=255) gCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCCGCAGGCcggtgt < 2:2019217/136‑5 (MQ=255) cccGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCCCCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCa < 1:1157374/150‑1 (MQ=255) cccGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCa < 1:1930420/150‑1 (MQ=255) gcgGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTcg > 1:820502/1‑150 (MQ=255) gcgGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGAGGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTcg > 1:1869055/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGTGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCCGCAGGCcggtgt > 2:1877848/1‑122 (MQ=255) ccAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGTGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCCGCAGGCcggtgt < 1:1877848/126‑5 (MQ=255) ccAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTa > 1:1067651/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTa > 2:449348/1‑150 (MQ=255) aGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTAcg > 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cTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCgg < 1:1407879/150‑1 (MQ=255) cTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCgg < 2:623050/150‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCggg < 1:1525459/150‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGAAAAACCCCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCggg < 2:2080863/150‑1 (MQ=255) tCGCACAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGAAAGGAGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACGAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCgcg > 1:1172286/1‑148 (MQ=255) 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ccGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGa < 1:1228578/150‑1 (MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTcgc > 1:696913/1‑124 (MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTcgc < 2:696913/124‑1 (MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAg < 1:2037029/150‑1 (MQ=255) gCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTgcagg > 1:1319101/1‑95 (MQ=255) gCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTgcagg < 2:1319101/95‑1 (MQ=255) gCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAgg > 2:1029848/1‑150 (MQ=255) gCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAgg > 1:2074301/1‑150 (MQ=255) acacCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATc > 1:33291/1‑150 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTcgc < 1:712461/41‑1 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTcgc > 2:712461/1‑41 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGa > 1:1187542/1‑150 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGa > 1:845214/1‑150 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCAGCGCAGCGCAGGATACAGCACCTTGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTACTGCCGCCAGTGCAGCCGCCGGTCCACACACTGGCGCAGCGGATCATCCGGTGCCGCCGAGGTCATCGa > 2:760207/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGa < 1:449934/139‑1 (MQ=255) cGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGa > 2:449934/1‑139 (MQ=255) ccTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCg < 2:385722/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTAAAGCGGGTCCTTCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCg < 2:1399485/150‑1 (MQ=255) cTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCgg > 2:1154807/1‑150 (MQ=255) cTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCgg < 2:1187542/150‑1 (MQ=255) tGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCggg < 1:1913260/150‑1 (MQ=255) | GAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGG > NC_002947/2772175‑2772469 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |