| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,777,050 | C→G | 7.5% | W166C (TGG→TGC) | PP_2429 ← | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,777,050 | 0 | C | G | 7.5% | 295.7 / 11.1 | 93 | W166C (TGG→TGC) | PP_2429 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/43); new base G (3/4); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GCGAGGCGTTGACACGTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCAGACCTTGGGGTT > NC_002947/2776904‑2777199 | gcgAGGCGTTGACACGTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCAc > 2:2254827/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTGACACGTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCgg < 1:1627321/150‑1 (MQ=255) cGTTGACACGTTGAGCCGAGGCCCCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGGCTGCAGGCACCggggc < 1:721043/150‑3 (MQ=255) ttGACACGTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCg < 1:1518555/144‑1 (MQ=255) ttGACACGTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCg > 2:1518555/1‑144 (MQ=255) tGACACGTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTc < 2:2251954/150‑1 (MQ=255) gTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCAcc > 1:164601/1‑150 (MQ=255) cGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAaca < 2:693358/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAgg < 2:2053630/150‑1 (MQ=255) cAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAggc < 2:2101823/150‑1 (MQ=255) ttGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCACCGGCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGc > 2:2133058/1‑150 (MQ=255) cGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCgg < 1:2254827/150‑1 (MQ=255) ggTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGc > 2:51550/1‑150 (MQ=255) gTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAg > 2:232414/1‑134 (MQ=255) gTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAg < 1:232414/134‑1 (MQ=255) tCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCATCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCag > 1:1771847/1‑150 (MQ=255) gagGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATc > 2:2224560/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGc > 1:1782029/1‑150 (MQ=255) 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gCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCagag > 1:212219/1‑136 (MQ=255) gCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCagag < 2:212219/136‑1 (MQ=255) gCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAac > 2:1688534/1‑150 (MQ=255) cAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGGCTGCAGGCACCggg < 1:1123761/89‑1 (MQ=255) cAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGGCTGCAGGCACCggg > 2:1123761/1‑89 (MQ=255) tACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCAccccc < 1:1274689/100‑1 (MQ=255) tACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCAccccc > 2:1274689/1‑100 (MQ=255) tGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAaca > 2:1067311/1‑143 (MQ=255) tGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAaca < 1:1067311/143‑1 (MQ=255) tGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAgcgc > 1:430215/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAgcgc > 1:1843939/1‑150 (MQ=255) cAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCa < 1:2400670/150‑1 (MQ=255) aTGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGcc > 1:1991440/1‑150 (MQ=255) gCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCcac > 2:1096442/1‑150 (MQ=255) atatCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACtc > 2:57239/1‑149 (MQ=255) atatCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTg < 2:1782029/150‑1 (MQ=255) atatCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTg < 2:2085162/150‑1 (MQ=255) aacaaAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAac > 2:1926251/1‑150 (MQ=255) aacaaAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAac > 2:2052403/1‑150 (MQ=255) acaaAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAacg > 2:1676279/1‑150 (MQ=255) caaAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCCCCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAacga < 2:1771847/150‑1 (MQ=255) caaAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAacga < 1:1096442/150‑1 (MQ=255) aaaaCCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCagag > 1:1310924/1‑106 (MQ=255) aaaaCCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCagag < 2:1310924/106‑1 (MQ=255) ccccGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGgcgc < 2:430215/150‑1 (MQ=255) ccccGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCACCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCCCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCCCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGgcgc > 1:5880/1‑150 (MQ=255) ccGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCgg > 2:1606448/1‑150 (MQ=255) cGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGcgcgtc < 1:1676279/150‑3 (MQ=255) 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ttGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACCCCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATAcccc < 2:161139/150‑1 (MQ=255) ttGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGacc > 2:2207716/1‑150 (MQ=255) gAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGa < 1:2349783/86‑1 (MQ=255) gAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGa > 2:2349783/1‑86 (MQ=255) aaCACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATAcccc < 2:835046/143‑1 (MQ=255) aaCACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATAcccc > 1:835046/1‑143 (MQ=255) 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cGGTGGCTGCAGGCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGc < 1:1368046/61‑1 (MQ=38) tGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACt > 2:1387358/1‑93 (MQ=255) tGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACt < 1:1387358/93‑1 (MQ=255) tGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCAGACCTTg < 2:2038146/150‑1 (MQ=255) tGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCAGACCTTg > 1:1820774/1‑150 (MQ=255) cAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCCCGGCCATAAACCCGACCTTggg < 2:1843939/150‑1 (MQ=255) cAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCAGACCTTggg < 1:1337448/150‑1 (MQ=255) cAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCAGACCTTggg < 2:971884/150‑1 (MQ=255) aGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCAGACCTTgggg < 1:1661314/150‑1 (MQ=255) ccACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCACACCTTGGGGtt > 2:1126627/1‑150 (MQ=255) | GCGAGGCGTTGACACGTTGAGCCGAGGCCGCTCAGGCCCCTTGTCGGTCAAGTAGAGGCTCAGGCCAATACTGCAGCCCATGCCGATATCAACAAAACCCCCGCCAACACTTGGTTGAACACCCGCAACCGCCCCGGTGCCTGCAGCCACCGGGCGCTCCCCACCCCCAACACCGCCCAGGCGGCCATGCTCGGCAGAGCGATCAGCAAGAACACCAGCGCCAGCTGCCACACTGGCAACGACGGCGCGGCAAATACCCCGACCACCGCCACGGCCATCAACCAGACCTTGGGGTT > NC_002947/2776904‑2777199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |