| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,822,941 | G→C | 7.5% | A157A (GCG→GCC) | curA → | NADPH‑dependent curcumin/dihydrocurcumin reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,822,941 | 0 | G | C | 7.5% | 290.2 / 12.1 | 93 | A157A (GCG→GCC) | curA | NADPH‑dependent curcumin/dihydrocurcumin reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/36); new base C (3/4); total (53/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
GCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCGTGCGCCGGACTT > NC_002947/2822802‑2823090 | gCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGc > 2:1686015/1‑150 (MQ=255) cGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAccaccag < 2:1597050/150‑6 (MQ=255) cGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAccaccag < 2:1829387/150‑6 (MQ=255) gATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTggcggcggc > 1:204861/1‑140 (MQ=255) gATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTggcggcggc < 2:204861/140‑1 (MQ=255) gATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCg > 2:809566/1‑150 (MQ=255) gATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAccaccagg < 2:1590700/150‑7 (MQ=255) gATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAccaccagg > 1:1590700/1‑144 (MQ=255) ccGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGgcg > 1:792414/1‑150 (MQ=255) ccGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGgcg < 2:935430/150‑1 (MQ=255) cgcgTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGgcgg > 1:57716/1‑149 (MQ=255) gTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGc < 2:1969101/137‑1 (MQ=255) gTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGc > 1:1969101/1‑137 (MQ=255) gTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGAc > 1:1964465/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACt > 2:1423905/1‑150 (MQ=255) gggTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACtgt > 1:2360380/1‑150 (MQ=255) ggTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACtgtg > 1:79840/1‑150 (MQ=255) gTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTgg < 1:1699116/150‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTgg > 1:861523/1‑150 (MQ=255) gTGACTCGACGGCGCACACTTCTTATGCCTTTGGCATCTTTGTCATGCAGGGCTTCGGAGCTTATAAGGGCTTGCTCGATCTTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTgg < 2:684106/150‑1 (MQ=255) tGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTggg > 2:557431/1‑150 (MQ=255) tGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTggg < 2:513467/150‑1 (MQ=255) gAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTgggg < 2:2360380/150‑1 (MQ=255) aGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGATTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTTAAACACTGGTGGTGGCGGCGGCCCCCGGGCCGGGTGGCGCGGCTGTGGGGc > 2:588278/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGAATGTGGGGCa > 1:34686/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCCTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGc > 1:1868337/1‑128 (MQ=255) gTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCCTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGc < 2:1868337/128‑1 (MQ=255) gCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAAACCTGGTGGTGGCGGCGGACACGGGGCCGGTCGGCGAGACTGTGGGGCAGAt > 1:877406/1‑150 (MQ=255) cGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCg < 2:861523/150‑1 (MQ=255) gcgcATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGc > 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ttcttATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCaa < 2:792414/150‑1 (MQ=255) ttcttATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCaa < 1:809566/150‑1 (MQ=255) ttcttATGCCTTGGGCATCCTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCaa > 2:1786587/1‑150 (MQ=255) ttATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCg > 2:1804/1‑107 (MQ=255) ttATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCg < 1:1804/107‑1 (MQ=255) ttATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAggg > 2:551251/1‑150 (MQ=255) ccTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGcc < 1:557431/150‑1 (MQ=255) tGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCAtg < 2:1619517/150‑1 (MQ=255) gCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTgg < 2:34686/150‑1 (MQ=255) gCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTgg > 1:2033633/1‑150 (MQ=255) gCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCAGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTgg > 2:377224/1‑150 (MQ=255) aTCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCg > 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gccggccgCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCg < 1:1182519/102‑1 (MQ=255) ccggccgCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCg < 1:824076/110‑1 (MQ=255) ccggccgCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCg > 2:824076/1‑110 (MQ=255) aGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGa < 1:1758884/133‑1 (MQ=255) aGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCAGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGa > 2:1758884/1‑133 (MQ=255) gggTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTg > 1:137098/1‑150 (MQ=255) 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GCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCGTGCGCCGGACTT > NC_002947/2822802‑2823090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |