| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,868,534 | C→G | 7.5% | intergenic (+30/‑901) | PP_2520 → / → PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,868,534 | 0 | C | G | 7.5% | 250.9 / 8.0 | 79 | intergenic (+30/‑901) | PP_2520/PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/35); new base G (2/4); total (40/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGA > NC_002947/2868393‑2868671 | gcgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGAc < 1:503521/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACTgag < 2:68786/150‑3 (MQ=255) tgtgCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGATGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGAGTGATCACTCCCGCTCAGTCGTCGTCAAGAAGACTGCCCCTcc > 2:395259/1‑149 (MQ=255) ccGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCcgt > 1:2057262/1‑150 (MQ=255) cGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCcgtc > 1:319722/1‑150 (MQ=255) gcagcaAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTgg < 1:705840/150‑1 (MQ=255) cagcaAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTggg < 1:1042931/150‑1 (MQ=255) gcaAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGa < 2:2057262/150‑1 (MQ=255) aaGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAagaaga < 1:402457/124‑1 (MQ=255) aaGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAagaaga > 2:402457/1‑124 (MQ=255) aaGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTggg < 1:1517427/146‑1 (MQ=255) aaGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTggg > 2:1517427/1‑146 (MQ=255) aaGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGAtt < 1:1802352/150‑1 (MQ=255) aaGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCCTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGAtt < 2:1615127/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGa < 1:1121751/150‑1 (MQ=255) gCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAggg < 2:319722/150‑1 (MQ=255) cTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTGAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGcc > 1:921003/1‑150 (MQ=255) tGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCaagaa < 1:1229242/110‑1 (MQ=255) tGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCaagaa > 2:1229242/1‑110 (MQ=255) tAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACa > 2:1966008/1‑142 (MQ=255) tAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACa < 1:1966008/142‑1 (MQ=255) tAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTc < 2:761988/150‑1 (MQ=255) aaaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTNAGGCTTCCTGGTNATGATGNCNCTTATGGTGATTTGTTTCTGACTGCATTATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGCTACACACCCTTccc > 1:1363428/1‑149 (MQ=255) aaaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCa > 2:1094665/1‑150 (MQ=255) aaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACt > 2:691237/1‑109 (MQ=255) aaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACt < 1:691237/109‑1 (MQ=255) aaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCAt > 1:1433690/1‑150 (MQ=255) aCCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATa < 1:251918/134‑1 (MQ=255) aCCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATa > 2:251918/1‑134 (MQ=255) cTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCaaa > 1:838101/1‑150 (MQ=255) tCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAAc > 2:834720/1‑150 (MQ=255) 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tCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCAt < 1:1691025/125‑1 (MQ=255) aGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACa > 2:1301685/1‑112 (MQ=255) aGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACa < 1:1301685/112‑1 (MQ=255) gCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCgaag > 2:66541/1‑150 (MQ=255) tCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGaagaag < 1:1094665/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGt < 2:1108339/150‑1 (MQ=255) cTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGCAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGaagaag > 2:258895/1‑148 (MQ=255) cTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGaagaag < 1:258895/148‑1 (MQ=255) cTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTa > 2:1284823/1‑150 (MQ=255) tGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTAc < 2:1433690/150‑1 (MQ=255) gTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGAt > 2:1059118/1‑95 (MQ=255) gTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGAt < 1:1059118/95‑1 (MQ=255) atgaCGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTg > 2:1511464/1‑150 (MQ=255) tgaCGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGAGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGa > 2:1485177/1‑150 (MQ=255) gCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCgg > 1:2385081/1‑150 (MQ=255) tgagctaTTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCTGCCGATCTGTCG‑TGGATTCAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAg < 2:695077/144‑1 (MQ=255) aTGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAg < 1:1601061/150‑1 (MQ=255) tGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTGAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAgg < 2:921003/150‑1 (MQ=255) gTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGc > 1:837296/1‑150 (MQ=255) tttGTTTCTGAATGTTGTAGCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑CCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAggagatcg > 1:695077/1‑144 (MQ=255) tttCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGc < 1:66541/150‑1 (MQ=255) tttCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGc > 2:678534/1‑150 (MQ=255) 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tcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctg > 2:2360987/1‑150 (MQ=255) cccGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctgg < 1:1284823/150‑1 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATc > 1:1082083/1‑111 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATc < 2:1082083/111‑1 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggct > 2:1368524/1‑150 (MQ=255) cTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGa < 1:1368524/150‑1 (MQ=255) ttCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCaa < 2:1777718/107‑1 (MQ=255) ttCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCaa > 1:1777718/1‑107 (MQ=255) | GCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCG‑TCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGA > NC_002947/2868393‑2868671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |