Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,894,016 | G→C | 6.8% | A321A (GCG→GCC) | PP_2548 → | sugar MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,894,016 | 0 | G | C | 6.8% | 284.0 / 5.7 | 92 | A321A (GCG→GCC) | PP_2548 | sugar MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/46); new base C (3/4); total (42/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCATCCCGACTGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTC > NC_002947/2893871‑2894163 | tcatcCCGACTGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCa < 1:413381/150‑1 (MQ=255) ccGACTGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCCGCCATGAac < 1:2024720/150‑1 (MQ=255) cGACTGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAaca > 2:1168996/1‑150 (MQ=255) cGACTGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACACTGTCGGCGTTCATGGCGGCCATGAaca < 1:328581/150‑1 (MQ=255) gACTGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGTTCAGCGTCGTGCTGCGGGCCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAacac < 1:910200/150‑1 (MQ=255) tGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCgg > 2:1741379/1‑150 (MQ=255) cTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCa < 1:403262/150‑1 (MQ=255) tttCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACcagcag > 1:78790/1‑150 (MQ=255) tttCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCgg < 1:2327759/147‑1 (MQ=255) tttCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCgg > 2:2327759/1‑147 (MQ=255) tttCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAg > 1:271275/1‑150 (MQ=255) tttCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGAAAAACAGTTAGGAGCCCGGCACCCGTCAGCCTTCGTTGTCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAg > 1:294739/1‑150 (MQ=255) tttCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCCAACCTCGGACATACTTTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAg > 1:1253951/1‑150 (MQ=255) ttCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGTGTTCATGGCCGGCATGAACGCCgccaat < 1:2000801/150‑6 (MQ=255) gAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCAt > 1:915145/1‑134 (MQ=255) gAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCAt < 2:915145/134‑1 (MQ=255) aCTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGcacgct < 2:587921/150‑6 (MQ=255) cTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGtgctg > 2:1056522/1‑150 (MQ=255) 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ttGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCt > 2:970128/1‑150 (MQ=255) ttGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGAAATTGCCGGTGTTCATGGCCGCCATGAACGCCgc > 2:632365/1‑126 (MQ=39) ttGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGAAATTGCCGGTGTTCATGGCCGCCATGAACGCCgc < 1:632365/127‑2 (MQ=38) gCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGt < 2:570147/130‑1 (MQ=255) gCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGt > 1:570147/1‑130 (MQ=255) gCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGc > 1:193308/1‑150 (MQ=255) 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tCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTg < 1:1429920/150‑1 (MQ=255) aCAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACg > 2:1485055/1‑150 (MQ=255) cAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTTCTGCTGGTGGTGGCCTTGATGTTCGTCATGGGTCTGACCCTGTACgg > 1:976545/1‑150 (MQ=255) aaaCTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTTCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACggg > 2:226733/1‑150 (MQ=255) aaaCTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACggg > 1:742974/1‑150 (MQ=255) aaaCTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACggg > 2:101674/1‑150 (MQ=255) tGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTc > 2:1880610/1‑150 (MQ=255) tGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTc < 1:1724746/150‑1 (MQ=255) gcgcCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGCTCCGCCGGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCga < 2:193308/150‑1 (MQ=255) ggcCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCgat < 2:1457526/149‑1 (MQ=255) 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< 1:1880610/150‑1 (MQ=255) ccGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCg < 1:101674/150‑1 (MQ=255) cGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCggg > 1:594444/1‑150 (MQ=255) tGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGgcg > 2:2397300/1‑150 (MQ=255) ggcggcGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTg > 2:919602/1‑55 (MQ=255) ggcggcGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTg < 1:919602/55‑1 (MQ=255) ggcggcGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCgc < 2:1811161/150‑1 (MQ=255) gcggcgTTCATGGCGGCCATGACCACCGGCATGCTCCTGCTGGTGGTGGACTTGCTCTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCgca < 1:2308553/150‑1 (MQ=255) tgTTCATGGCCGCCATGAACGCCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGcagcag > 2:217531/2‑150 (MQ=255) ttCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGc < 2:2237530/63‑1 (MQ=255) ttCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGc > 1:2237530/1‑63 (MQ=255) ttCATGGCCGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGt > 1:487780/1‑150 (MQ=255) tCATGGCGGCAATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGtt < 2:822540/150‑1 (MQ=255) cATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGttt < 2:1664996/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGtttt < 1:226733/150‑1 (MQ=255) aTGGCCGCCATGAACGCCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGtttt < 1:217531/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCAt < 1:1223678/55‑1 (MQ=255) tGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCAt > 2:1223678/1‑55 (MQ=255) tGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCATCGCAGACGGTCTGGTGCCGTATCCTGTACGGGCAGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTg < 1:1741379/150‑1 (MQ=255) gcggcCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTc > 2:819675/1‑150 (MQ=255) | TCATCCCGACTGCTTTCGAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTC > NC_002947/2893871‑2894163 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |