| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,908,041 | A→C | 5.8% | S233A (TCC→GCC) | hasE ← | secretion metalloprotease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,908,041 | 0 | A | C | 5.8% | 247.6 / 5.9 | 86 | S233A (TCC→GCC) | hasE | secretion metalloprotease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/36); new base C (2/3); total (47/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
CAGGGTGGTGTTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAGGCCCTTCAGTT > NC_002947/2907892‑2908190 | cAGGGTGGTGTTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGa < 2:955704/150‑1 (MQ=255) gtggtgTTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAgg > 1:1292431/1‑150 (MQ=255) tggtgTTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGt > 1:1248355/1‑150 (MQ=255) ggtgTTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGACCTGTCCGCCGGCCAggcc < 1:1059134/150‑3 (MQ=255) gtgtTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCGCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCg < 1:738590/150‑1 (MQ=255) tgtTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCgg > 2:1816120/1‑150 (MQ=255) ttttCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGACCTGTCCGCCGGCCAggccgaa < 2:1777691/149‑6 (MQ=255) ttttCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGACCTGTCCGCCGGCCAggccgaa > 1:1777691/1‑144 (MQ=255) cTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCCGGCTGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATtgct < 1:23718/150‑1 (MQ=255) ttGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATtgctg > 1:1402695/1‑150 (MQ=255) ttGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGAAAAAAAACAAGTCGGCATtgctg > 2:1641968/1‑150 (MQ=255) tGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATtgctgc < 1:2336659/150‑1 (MQ=255) ggCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCg < 2:1727225/150‑1 (MQ=255) cGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGtt > 1:1539581/1‑150 (MQ=255) aTCGGTCAGTTGCGTCTCCTCCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTtccag < 1:1200335/150‑1 (MQ=255) aTCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCGTGGCTGCGCGCGCTTGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTtccag < 1:900736/150‑1 (MQ=255) ggTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTtccagctc < 1:941092/150‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTtccagctcc < 2:1248355/150‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTtccagctcc > 1:1243036/1‑150 (MQ=255) gTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTAGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCcagca > 2:989139/1‑150 (MQ=255) ttGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCcagcag > 1:756336/1‑150 (MQ=255) gCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGc < 2:756336/150‑1 (MQ=255) tCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACa < 2:984703/112‑1 (MQ=255) tCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACa > 1:984703/1‑112 (MQ=255) tCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTtcca > 1:932908/1‑133 (MQ=255) tCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTtcca < 2:932908/133‑1 (MQ=255) ccACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCAGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGc > 2:1348402/1‑150 (MQ=255) ccctgctTCAGGTAGTCGTGCTGGGCGC‑GCAGATTGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCgg < 2:1344419/149‑1 (MQ=255) aCCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCTGCTTGATCCCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCgg < 1:231103/150‑1 (MQ=255) aCCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCgg < 2:1292431/150‑1 (MQ=255) aCCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCgg > 1:728894/1‑150 (MQ=255) aCCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCgg < 1:1816120/150‑1 (MQ=255) aCCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGACTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGATCCAGCAGGCGGTTGCgg > 2:1670945/1‑150 (MQ=255) cctcctTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCggg < 2:1402695/150‑1 (MQ=255) cctcctTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCggg > 2:1619865/1‑150 (MQ=255) cctcctTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCggg > 1:71782/1‑150 (MQ=255) cctcctTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAACTCCAGCAGGCGGTTGCggg < 2:2374872/150‑1 (MQ=255) cctTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTa > 1:906626/1‑150 (MQ=255) ttCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACa > 2:31218/1‑150 (MQ=255) cT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCgg < 1:1598913/124‑1 (MQ=255) cT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCgg > 2:1598913/1‑124 (MQ=255) gCAGAATAAGCAGCTTGATCTCGGTGGCCGGGCTGCTCGCCCGGGCAATGTTGGTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTACGTTCCAGCTCCAGTAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGAccc > 2:1955350/1‑150 (MQ=255) gcAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCCATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGATGACAGGACCGAATTTCTGCGTTTCATCTCCAGCAGGCAGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGAACCCGGGTGCCtt > 1:1097926/1‑150 (MQ=255) gcAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCtt > 1:2075399/1‑150 (MQ=255) gCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCtt < 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tCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACctgc < 1:347109/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCa > 2:2219831/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAg < 1:2219831/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAg > 2:1010361/1‑149 (MQ=255) tGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAg < 1:1010361/149‑1 (MQ=255) ccGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAGGccc < 1:1348402/150‑1 (MQ=255) gcggACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAGGCCCTTc > 1:526476/1‑150 (MQ=255) aCAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAGGCCCTTCAGtt < 2:1319335/150‑1 (MQ=255) | CAGGGTGGTGTTTTCCTTGGCGGTATCGGTCAGTTGCGACTCCACCTCCTTCAGGTAGTCGTGCT‑GGCGCTGCAGAATGCGCAGCTTGATCTCGGTGGCCTGGCTGCGCGCCCGGGCAATGTTGTTGAGGTTTTCGGCCTGGCCGGCGGACAGGTCGGCATTGCTGCGTTCCAGCTCCAGCAGGCGGTTGCGGGGTACATAACCTTCGGCGGCCAGGACCCGGGTGCCTTGCAGTTCCTGGTTGAGGAAGCCGATCTGCGAGGCGCGGGCGCCGTACACCTGCTGCAGGCCCTTCAGTT > NC_002947/2907892‑2908190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |