| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,914,470 | C→G | 5.2% | Y1149* (TAC→TAG) | PP_2561 → | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,914,470 | 0 | C | G | 5.2% | 307.9 / 6.7 | 97 | Y1149* (TAC→TAG) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/44); new base G (3/2); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCGTGGACCTCAGCCTGGCCGCCTTGGCTCAGCCCCATGGCAACGCGCCTAACCAGAACGCTGGCGTGTTCAACCCGGTGGGCGCTTCGCCTGCCTCGATTCTGGACAGGTTCGCTGAGGTCGAAGGGGTGTCCGGTTCGGCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGCCCACCACCGGCTTTGCCAC > NC_002947/2914325‑2914619 | ccGTGGACCTCAGCCTGGCCGCCTTGGCTCAGCCCCATGGCAACGCGCCTAACCAGAACGCTGGCGTGTTCAACCCGGTGGGCGCTTCGCCTGCCTCGATTCTGGACAGGTTCGCTGAGGTCGAAGGGGTGTCCGGTTCGGCCTACGCCg > 2:1915099/1‑150 (MQ=255) cGTGGACCTCAGCCTGGCCGCCTTGGCTCAGCCCCATGGCAACGCGCCTAACCAGAACGCTGGCGTGTTCAACCCGGTGGGCGCTTCGCCTGCCTCGATTCTGGACAGGTTCGCTGAGGTCGAAGGGGTGTCCGGTTCGGCCTACGCCGa > 2:659192/1‑150 (MQ=255) cGTGGACCTCAGCCTGGCCGCCTTGGCTCAGCCCCATGGCAACGCGCCTAACCAGAACGCTGGCGTGTTCAACCCGGTGGGCGCTTCGCCTGCCTCGATTCTGGACAGGTTCGCTGAGGTCGAAGGGGTGTCCGGTTCGGCCTACGCCGa > 1:807653/1‑150 (MQ=255) 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aaGGGGTGTCCGGTTCGGCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCt < 2:811829/150‑1 (MQ=255) aGGGGTGTCCGGTTCGGCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCtt < 1:1139209/150‑1 (MQ=255) gtgtCCGGTTCGGCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGccc > 2:496567/1‑150 (MQ=255) tCCGGTTCGGCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCgg < 1:506154/140‑1 (MQ=255) tCCGGTTCGGCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCgg > 2:506154/1‑140 (MQ=255) cacatCGGCGTAGGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCt < 1:1687446/110‑1 (MQ=255) cacatCGGCGTAGGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCt > 2:1687446/5‑114 (MQ=255) cGGTTCGGCCTACGCCGGTGGGCTCAAGGGCGACGAGGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCGGCGGGTCATGGCGGATGGCGGCTTGCCcacaac > 2:371261/1‑150 (MQ=255) atCGGCGTAGGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGCCCACCACCgg > 1:1625918/2‑150 (MQ=255) ggCCTACGCAGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGCCCACCACCGGCtt > 1:331003/1‑150 (MQ=255) gCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGa > 2:1956072/1‑82 (MQ=255) gCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGa < 1:1956072/82‑1 (MQ=255) gCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCGACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCg < 2:2009090/130‑1 (MQ=255) gCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCGACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCg > 1:2009090/1‑130 (MQ=255) gCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGCCCACCACCGGCttt < 1:523157/150‑1 (MQ=255) gCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCACCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGCCCACCACCGGCttt < 2:807653/150‑1 (MQ=255) cGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGCCCACCACCGGCTTTGCCAc > 2:53908/1‑150 (MQ=255) cGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTCGGCAGCAGCAGTTCCTGGTGGATGCCGGCTTGCCCACCACCGGCTTTGCCAc < 1:659192/150‑1 (MQ=255) | CCGTGGACCTCAGCCTGGCCGCCTTGGCTCAGCCCCATGGCAACGCGCCTAACCAGAACGCTGGCGTGTTCAACCCGGTGGGCGCTTCGCCTGCCTCGATTCTGGACAGGTTCGCTGAGGTCGAAGGGGTGTCCGGTTCGGCCTACGCCGATGTGCTCAAGGGCGACGACGTCGATGCCGTGACCATTCTCAACCATGGCGGCGCCACCGGCAGTGCGCTGACCAACGTGGCGCTGATACGTGGGCTGCAGCAGTTCCTGGCGGATGCCGGCTTGCCCACCACCGGCTTTGCCAC > NC_002947/2914325‑2914619 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |