| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,949,837 | A→T | 7.1% | intergenic (+59/+54) | PP_2583 → / ← oguA | acetyltransferase/8‑oxoguanine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,949,837 | 0 | A | T | 7.1% | 311.3 / 10.1 | 100 | intergenic (+59/+54) | PP_2583/oguA | acetyltransferase/8‑oxoguanine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/46); new base T (3/4); total (49/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CCTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCACGAC > NC_002947/2949688‑2949986 | ccTGTACGAGGAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCa > 2:2401428/1‑150 (MQ=255)ccTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCa > 1:181372/1‑150 (MQ=255)ccTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCa > 2:449369/1‑150 (MQ=255) 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caaGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCt > 2:1801891/3‑150 (MQ=255) cTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCt < 1:1970790/150‑1 (MQ=255) tAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGc > 1:1584221/1‑71 (MQ=255) tAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGc < 2:1584221/71‑1 (MQ=255) tAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTg < 1:685187/150‑1 (MQ=255) ggCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGt < 1:2175242/129‑1 (MQ=255) ggCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGt > 2:2175242/1‑129 (MQ=255) gca‑gcgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTc > 1:2153190/1‑150 (MQ=255) catgcgcagcCCTTTGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCa > 1:1459830/4‑83 (MQ=38) a‑gcgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCtt > 1:905228/1‑150 (MQ=255) gcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTcacca < 2:1390468/150‑1 (MQ=255) ccAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacg > 1:690744/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacgac > 2:1453652/1‑150 (MQ=255) | CCTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCACGAC > NC_002947/2949688‑2949986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |