Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,949,838 | A→T | 6.7% | intergenic (+60/+53) | PP_2583 → / ← oguA | acetyltransferase/8‑oxoguanine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,949,838 | 0 | A | T | 6.7% | 316.5 / 8.8 | 101 | intergenic (+60/+53) | PP_2583/oguA | acetyltransferase/8‑oxoguanine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/48); new base T (3/4); total (49/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCACGAC > NC_002947/2949689‑2949986 | cTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCaa > 1:2230413/1‑150 (MQ=255) cTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTCCCTAGGTGACA‑GCGCAGCCCaa > 2:20814/1‑150 (MQ=255) tGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACTGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCaaa < 1:1967805/150‑1 (MQ=255) aCCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCGTGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAggg < 2:729151/150‑1 (MQ=255) aCCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAggg < 1:1819589/150‑1 (MQ=255) ccAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGc > 2:819318/1‑150 (MQ=255) cAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCt > 1:1390468/1‑150 (MQ=255) cAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCt > 2:1603432/1‑150 (MQ=255) aGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTg > 1:380854/1‑150 (MQ=255) gAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATTGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTgc > 1:1666365/1‑150 (MQ=255) tGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCTTTGGGCTgcgctgc < 1:626890/150‑4 (MQ=255) tGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCAt < 2:763757/149‑1 (MQ=255) tGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCAt > 1:763757/1‑149 (MQ=255) 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caaGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCt > 2:1801891/3‑150 (MQ=255) cTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCt < 1:1970790/150‑1 (MQ=255) tAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGc < 2:1584221/71‑1 (MQ=255) tAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGc > 1:1584221/1‑71 (MQ=255) tAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTg < 1:685187/150‑1 (MQ=255) ggCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGt > 2:2175242/1‑129 (MQ=255) ggCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGt < 1:2175242/129‑1 (MQ=255) gca‑gcgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTc > 1:2153190/1‑150 (MQ=255) catgcgcagcCCTTTGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCa < 2:1459830/80‑1 (MQ=38) catgcgcagcCCTTTGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCa > 1:1459830/4‑83 (MQ=38) a‑gcgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCtt > 1:905228/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacg > 1:690744/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacgac > 2:1453652/1‑150 (MQ=255) | CTGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCACGAC > NC_002947/2949689‑2949986 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |