| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,982,735 | C→G | 10.0% | G163R (GGT→CGT) | PP_2608 ← | shikimate dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,982,735 | 0 | C | G | 10.0% | 308.3 / 16.3 | 103 | G163R (GGT→CGT) | PP_2608 | shikimate dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/45); new base G (6/5); total (52/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CAGCAGGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGA > NC_002947/2982586‑2982884 | cagcagGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCAcc > 1:1204113/1‑150 (MQ=255)cagcagGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCAcc > 2:2077433/1‑150 (MQ=255) agcagGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCCAGCAGTTCGCCTACCGCcccc > 2:2333949/1‑150 (MQ=255) 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aCAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGGCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTACGCCCGGGGCAGCCGTTGACGAGCAGTTCGCATACCGCACGCATGGGTGCGGtat < 2:2329382/150‑3 (MQ=255) aaCGGCAGCTCTGCGCGAGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTg > 1:1675982/1‑150 (MQ=255) aCGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTGTACGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTgg < 2:2132549/150‑1 (MQ=255) aGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAAGAAGGAGTGTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGAGGCAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCg > 1:1870517/1‑150 (MQ=255) cgcgGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAggg < 1:2077433/150‑1 (MQ=255) gcgGGTGCCACTGCCGTACGGGGACGCGTTGGCGCTCTGGGCGGAGTCTTGCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGt < 2:873094/150‑1 (MQ=255) cgGGTGCCCATGCCGCCTGGGGACGCGTTGGCAACCAGGTCGAAGCCGTCGAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCGTACCGCACCCATGCGGGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGtt < 2:833655/150‑1 (MQ=255) ccgaTGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGTCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGGGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTg < 2:934771/147‑1 (MQ=255) ccATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTTTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTgg > 2:1790940/1‑150 (MQ=255) ccATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTc > 1:1477251/1‑133 (MQ=255) 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cccaGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAg < 1:2048273/149‑1 (MQ=255) accaGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAg > 2:2188138/1‑150 (MQ=255) ccaGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGc > 2:1597538/1‑139 (MQ=255) ccaGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGc < 1:1597538/139‑1 (MQ=255) caGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGc > 2:1088023/1‑138 (MQ=255) caGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGc < 1:1088023/138‑1 (MQ=255) gTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAAt > 2:448454/1‑150 (MQ=255) cGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCCCACCTGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGTTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATgg < 1:1374681/150‑1 (MQ=255) gAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGc > 2:1909992/1‑150 (MQ=255) gTCTGCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGAGCGTAAGCCTGTGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGGACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACt < 2:810838/150‑1 (MQ=255) tCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTgg < 1:1084416/91‑1 (MQ=255) tCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTgg > 2:1084416/1‑91 (MQ=255) 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tACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTgcgc > 2:373497/1‑150 (MQ=255) caCCGCACGCATGGGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGttt > 1:767207/2‑120 (MQ=255) cccGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCa < 2:1204113/149‑1 (MQ=255) aCCGCACGCATGGGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGaa < 2:1981711/134‑1 (MQ=255) ccGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAg > 1:1101566/1‑150 (MQ=255) cGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCa > 2:295966/1‑104 (MQ=255) cGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCa < 1:295966/104‑1 (MQ=255) cccATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCg < 2:1367287/150‑1 (MQ=255) ccATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGa > 2:2306241/1‑150 (MQ=255) ccATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGa < 1:373497/150‑1 (MQ=255) ccATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCAATGCCACCGCAGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCGGa > 1:1933475/1‑150 (MQ=255) ccATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGAGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGa > 1:102898/1‑150 (MQ=255) | CAGCAGGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTC‑AGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGA > NC_002947/2982586‑2982884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |