| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,030,460 | G→C | 6.2% | intergenic (+417/‑277) | pcaY → / → mgtA | aromatic acid chemoreceptor/ATP‑dependent magnesium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,030,460 | 0 | G | C | 6.2% | 412.2 / 13.5 | 131 | intergenic (+417/‑277) | pcaY/mgtA | aromatic acid chemoreceptor/ATP‑dependent magnesium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/64); new base C (3/5); total (59/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTACTCGAACTTTTCATGTTAAAAGTTCGCGGGATAACTATTTCCCTGTGTTTATGAAAAGGA > NC_002947/3030311‑3030606 | ccgccgccgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAag < 1:1280911/150‑1 (MQ=255) cgccgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAagtagt > 1:1939238/1‑150 (MQ=255) gccgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGtt > 2:513000/1‑150 (MQ=255) 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CCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTACTCGAACTTTTCATGTTAAAAGTTCGCGGGATAACTATTTCCCTGTGTTTATGAAAAGGA > NC_002947/3030311‑3030606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |