| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 273,668 | G→C | 5.9% | R34G (CGC→GGC) | metNB ← | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 273,668 | 0 | G | C | 5.9% | 273.0 / 6.3 | 85 | R34G (CGC→GGC) | metNB | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/40); new base C (3/2); total (43/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
CAGGCGGTTGATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAGCTTTGTTCAA > NC_002947/273519‑273816 | cAGGCGGTTGATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGAGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAgcg < 1:533984/150‑1 (MQ=255)cAGGCGGGTGATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATGTCACCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAgcg > 2:239479/1‑150 (MQ=255) ggTTGATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGt < 2:1864746/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGCGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTg < 1:1280399/150‑1 (MQ=255) ttGATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTgg < 2:1181650/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGc > 1:1362165/1‑150 (MQ=255) gATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCCCACGTgcgc > 2:1406193/1‑147 (MQ=255) gcgcAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCAtt < 2:1043257/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCAtt < 2:1733215/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCCCACGTGCGCTTCAtc < 1:1406193/150‑2 (MQ=255) cgcAGCAGTTATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATCATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGACGCGCACGTGGGCTTCATTg < 1:140743/150‑1 (MQ=255) gcagcaGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTgg < 1:379344/150‑2 (MQ=255) aCTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGGCGCGCACTTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCa > 2:2109488/1‑150 (MQ=255) cTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAg < 1:1291252/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGcc > 2:1646252/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGcc > 1:1069605/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTggg > 1:1042974/1‑121 (MQ=255) gcgcCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTggg < 2:1042974/121‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGAGCGCGGGGCCTGTTc > 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ccGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCATGACCGGT‑AAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCTCTGGCCATTGGCGGCAGt > 1:1956913/1‑150 (MQ=255) ccGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAgg > 2:2355775/1‑149 (MQ=255) gATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGcc < 2:148070/121‑1 (MQ=255) gATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGcc > 1:148070/1‑121 (MQ=255) aTCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTgg < 2:661849/150‑1 (MQ=255) tctcGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTggg < 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cATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAg < 1:51301/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAgg < 2:603954/150‑1 (MQ=255) ggATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGccc > 2:1062419/1‑150 (MQ=255) aTGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTg > 2:2107230/1‑150 (MQ=255) ttCAGGTCGATGCATTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGTTCTTTCCCA‑GGCGGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTAGGGGCGCACGGTCGAACAGTTTAGCTTTTGCGGGAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAgc > 2:529513/1‑150 (MQ=255) aGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTggg > 2:1067634/1‑130 (MQ=255) aGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTggg < 1:1067634/130‑1 (MQ=255) gTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGa < 2:1261224/143‑1 (MQ=255) gTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGa > 1:1261224/1‑143 (MQ=255) gTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGct < 1:1561704/150‑1 (MQ=255) tCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGt > 1:738637/1‑99 (MQ=255) 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ccA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCg > 2:980725/1‑150 (MQ=255) ggCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGa > 2:1592385/1‑150 (MQ=255) ggCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGa < 1:896533/150‑1 (MQ=255) gCCGATGAAGCGCACGCGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAg < 1:2086219/150‑1 (MQ=255) tcaaTGAAGCCCACGTGCGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAGc > 1:152546/4‑150 (MQ=255) gATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAGCtt > 1:2230381/1‑150 (MQ=255) aaTGAAGCCCACGTGCGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCa < 1:645406/64‑1 (MQ=38) aaTGAAGCCCACGGGCGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCa > 2:645406/2‑65 (MQ=255) tGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAGCTTTg < 2:175143/150‑1 (MQ=255) gcgcACGTGGGCTTCCTAGAAGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAGCTTTGTTCa > 2:1420179/1‑150 (MQ=255) cgcACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAGCTTTGTTCaa < 1:821026/150‑1 (MQ=255) | CAGGCGGTTGATGGTGCGCAGCAGTGATGACTTACCGGCGCCGCTGCGGCCGATGATGCCGAAGATCTCGCCATGGCGGATGTTCAGGTCGATGCCTTGCAACGCCGGTTGCGCCTGGCCGGGGTAGGTCTTGCCCA‑GGCCGATGAAGCGCACGTGGGCTTCATTGACGTCGGGGCGCAGGGCCTGTTCCCTGGCCATTGGCGGCAGTGCTTGGGGTGTAGGCGCCCTGAGCGCGCTGGCCTGGCTCATTTCAGCCTTCCCAGCCGGCTTGGTAGAGCTTGCCGTGAGCTTTGTTCAA > NC_002947/273519‑273816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |