| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,041,016 | A→C | 6.4% | Q192H (CAA→CAC) | PP_2652 → | hydratase/decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,041,016 | 0 | A | C | 6.4% | 278.8 / 5.8 | 95 | Q192H (CAA→CAC) | PP_2652 | hydratase/decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/40); new base C (4/3); total (52/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GTCGACCGCAAGGCTGTCGGCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTCGATTTGC > NC_002947/3040867‑3041164 | gTCGACCGCAAGGCTGTCGGCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCaa < 1:964405/150‑1 (MQ=255)gTCGACCGCAAGGCTGTCGGCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCaa < 1:152821/150‑1 (MQ=255) cGCAAGGCTGTCGGCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGgcgc > 1:1283856/1‑150 (MQ=255) 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ataAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAg > 1:434628/1‑150 (MQ=255) aaaTGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGAc < 1:937525/150‑1 (MQ=255) aTGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGa < 1:429060/147‑1 (MQ=255) aTGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGa > 2:429060/1‑147 (MQ=255) tgtgCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGATc < 1:1134354/113‑1 (MQ=255) tgtgCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGATc > 2:1134354/1‑113 (MQ=255) 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tgGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGt > 1:1043472/1‑150 (MQ=255) ggATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGtt < 1:1449375/150‑1 (MQ=255) ggATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGtt < 2:2313781/150‑1 (MQ=255) ggATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGtt < 2:272610/150‑1 (MQ=255) gacaagCCACCGACGCGCCGTTGGATTGTCTGGCGATGCAGCCACTGAAGGGCGAGTGTCGCTGGCTCACCTGTATGCACACTCTGCCGAGCGTGGCCAGACCGTGAAGTCCGGGGATGGCGTGACCACGGGGGCCATGTGCCGGCCGtt > 2:943778/6‑150 (MQ=255) gATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTc < 2:1858659/150‑1 (MQ=255) gATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTc < 1:1587042/150‑1 (MQ=255) tGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCacac > 1:1514672/1‑79 (MQ=255) tGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCacac < 2:1514672/79‑1 (MQ=255) ccAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTc > 1:552917/1‑115 (MQ=255) ccAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTc < 2:552917/115‑1 (MQ=255) ccAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCa < 1:938801/131‑1 (MQ=255) ccAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCa > 2:938801/1‑131 (MQ=255) ccAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTCGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTCGAttt > 1:129069/1‑150 (MQ=255) cAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGa < 2:1368547/83‑1 (MQ=255) cAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGa > 1:1368547/1‑83 (MQ=255) aaCGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGTGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTCGATTTGc > 2:546764/1‑150 (MQ=255) | GTCGACCGCAAGGCTGTCGGCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTCGATTTGC > NC_002947/3040867‑3041164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |