| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,060,598 | A→T | 7.1% | K187M (AAG→ATG) ‡ | exaE → | transcriptional regulator ExaE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,060,598 | 0 | A | T | 7.1% | 316.6 / 11.9 | 98 | K187M (AAG→ATG) ‡ | exaE | transcriptional regulator ExaE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/43); new base T (5/2); total (53/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCAAAGCACCAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCACCCCCCGA > NC_002947/3060449‑3060747 | gCAAAGCACCAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCaa < 2:1116638/150‑1 (MQ=255)gCAAAGCACCAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGAAGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCaa < 1:792548/150‑1 (MQ=255) aaaGCACCAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAaga < 1:364288/150‑1 (MQ=255) aaGCACCAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAagag > 2:2211156/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGTCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAg < 1:1836923/150‑1 (MQ=255) cAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGtt < 2:1695462/150‑1 (MQ=255) gACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCTCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGAACTTGCTCTTGAGCAAggtcagg < 2:78403/150‑7 (MQ=255) gACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAg < 1:105015/150‑1 (MQ=255) gACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCAAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAg < 1:1601774/150‑1 (MQ=255) aCCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAgg < 1:1091513/150‑1 (MQ=255) ccccGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTc < 2:469661/150‑1 (MQ=255) tacctcATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCac‑ac > 1:1892288/6‑150 (MQ=255) cgcATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTAGCAGTGCCAAGACCGTATCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGcc > 1:898300/1‑150 (MQ=255) cccAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTtg < 2:1423234/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTtgt < 1:1793571/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTtgt < 1:351101/150‑1 (MQ=255) gcgcGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGGGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCa > 2:1645471/1‑150 (MQ=255) gAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTg > 1:684610/1‑150 (MQ=255) 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atTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGCCGCGGGTGATTCTCCAGCGGTTAGGTATCGGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCt > 1:1624635/1‑150 (MQ=255) ttCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCTCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCa < 1:1524321/107‑1 (MQ=255) ttCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCTCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCa > 2:1524321/1‑107 (MQ=255) ttCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTg > 1:96545/1‑150 (MQ=255) tCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTgg < 2:2194259/150‑1 (MQ=255) cACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTggg < 1:637549/150‑1 (MQ=255) aCGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTtgt > 2:1820685/1‑128 (MQ=255) aCGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTtgt < 1:1820685/128‑1 (MQ=255) aaGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTg > 1:992702/1‑150 (MQ=255) aaGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGACCTGGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTg > 1:1331775/1‑150 (MQ=255) aaCCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCggg < 2:541742/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCGGATGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTggg > 2:1277771/1‑117 (MQ=255) 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acTTGCTCTTGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATcc > 2:1351687/2‑150 (MQ=255) acTTGCTCTTGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATcc > 2:128014/2‑150 (MQ=255) acTTGCTCTTGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATcc > 1:1823268/2‑150 (MQ=255) cTTGCTCTTGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCAtt > 1:1122047/1‑99 (MQ=255) cTTGCTCTTGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCAtt < 2:1122047/99‑1 (MQ=255) cTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTgggg > 2:1091941/1‑67 (MQ=255) cTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTgggg < 1:1091941/67‑1 (MQ=255) cTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCa > 2:1066750/1‑150 (MQ=255) cTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCa > 2:2004343/1‑150 (MQ=255) gCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCAccc > 1:995922/1‑150 (MQ=255) tCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCa < 2:1037491/145‑1 (MQ=255) tCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCa > 1:1037491/1‑145 (MQ=255) tCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCAccccc > 1:897254/1‑150 (MQ=255) tCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCAccccc > 1:438683/1‑150 (MQ=255) cAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCAcccccc < 1:2004343/150‑1 (MQ=255) agagCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCACCCCCCGa < 1:1199111/150‑1 (MQ=255) | GCAAAGCACCAGTGACCCCCGGTTGCAGCGCATGACCCAGCGCGAACTGGAGATATTCACGATGCTGGCCAAGGGAACCCCGGCGCGGGTGATTGCCGAGCAGTTGTGTATCAGTGCCAAGACCGTGTCCAACCACCTGACCTTGCTCAAGAGCAAGTTGCAGGTCAGCTCAC‑ACGCCGAGCTTGTGCATCTGGGGATTGATCTGGGGGTGGTGCGGGTGGCGGGGTGAGGTATTTCATTGCACCTGTTGGGGCTGCGTCGCAGCCGACCGCGCCCAACGGAATGTATCCACCCCCCGA > NC_002947/3060449‑3060747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |