| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,071,254 | T→A | 6.4% | C22S (TGC→AGC) | yiaY → | Fe‑containing alcohol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,071,254 | 0 | T | A | 6.4% | 299.9 / 6.0 | 93 | C22S (TGC→AGC) | yiaY | Fe‑containing alcohol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/42); new base A (3/3); total (48/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTAGCCCCGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGCCTGTACACAGCG > NC_002947/3071105‑3071403 | gTAGCCCCGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGtgccggct > 2:67646/1‑150 (MQ=255) ccccGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGtgccggctgccg > 2:1759163/1‑150 (MQ=255) ccccGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGCTGGGATGCTTTACGCTGACGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGtgccggctgccg > 2:537165/1‑150 (MQ=255) 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cgAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCGCTTGCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTAt > 1:62530/2‑150 (MQ=255) atcTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTgc > 2:714451/1‑56 (MQ=255) atcTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTgc < 1:714451/56‑1 (MQ=255) tcTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGactact > 1:1632436/1‑150 (MQ=255) cacattgTGCCGGCAGCCGGCACCATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAgg < 2:1750455/132‑1 (MQ=255) cacattgTGCCGGCAGCCGGCACCATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGGGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAgg > 1:1750455/7‑138 (MQ=255) tttGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGc > 2:2284709/1‑150 (MQ=255) ttGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGcc < 2:856743/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGGGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGATGGCGGATGTGGCGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGCCTCCTCCCTg > 2:460780/1‑150 (MQ=255) tgccggctgccggcACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGCCTGTa < 1:2140125/150‑1 (MQ=255) ccggctgccggcACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACtggtg > 1:2314224/1‑62 (MQ=255) ccggctgccggcACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACtggtg < 2:2314224/62‑1 (MQ=255) ccggctgccggcACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGCCTGTaca > 1:1596616/1‑150 (MQ=255) ccggctgccggcACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGCCTGTaca > 1:1196811/1‑150 (MQ=255) tgccggcACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGCCTGTACACAGCg < 1:1920492/150‑1 (MQ=255) tgccggcACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGCCTGTACACAGCg < 1:1092943/150‑1 (MQ=255) | GTAGCCCCGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACAATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTACTGCCTGTACACAGCG > NC_002947/3071105‑3071403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |