| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 295,247 | G→A | 7.7% | G217E (GGG→GAG) | ssuB → | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 295,247 | 0 | G | A | 7.7% | 333.2 / 13.6 | 117 | G217E (GGG→GAG) | ssuB | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/54); new base A (6/3); total (60/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCTGGATGCGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACG > NC_002947/295098‑295389 | gcTGGATGCGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCgg < 2:1631215/150‑1 (MQ=255) gATGCGTTGACCCGTATCGAGATGCCGCACCTGATCGCAGGCATATGGGGTTAGTACGGCTGCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGctc > 2:1129914‑M2/1‑147 (MQ=255) tGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGAGCCCGACCTcg < 2:446576/150‑2 (MQ=255) 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ccGTATCGAGAACCAGCAACTGATTGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGGCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt > 2:1955832/1‑150 (MQ=255) cGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGtt < 2:1595720/150‑1 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt > 2:1975232/1‑143 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt < 1:1975232/143‑1 (MQ=255) agaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTgg < 1:1627738/150‑1 (MQ=255) gaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGc > 2:746056/1‑150 (MQ=255) aTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCa < 1:780137/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCAc < 2:796798/150‑1 (MQ=255) cagcaACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACgg < 2:1949931/150‑1 (MQ=255) agcaACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGc > 1:2366522/1‑150 (MQ=255) 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1:2146091/150‑1 (MQ=255) cagtgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGaaa > 2:1260438/5‑80 (MQ=38) ggCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGccc > 2:292420/1‑150 (MQ=255) gtgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCa > 1:201522/3‑150 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAAcc < 2:2268610/91‑1 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAAcc > 1:2268610/2‑92 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCAc > 1:671235/2‑150 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCAc > 1:703881/2‑150 (MQ=255) gAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGtt > 1:1373023/1‑96 (MQ=255) gAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGtt < 2:1373023/96‑1 (MQ=255) | GCTGGATGCGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACG > NC_002947/295098‑295389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |