| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,260,391 | T→C | 6.4% | T158A (ACC→GCC) ‡ | PP_2857 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,260,391 | 0 | T | C | 6.4% | 375.1 / 10.7 | 124 | T158A (ACC→GCC) ‡ | PP_2857 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/55); new base C (3/5); total (64/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TCCGTACGCTATTAGGTTAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTGGGTGTTGGCA > NC_002947/3260243‑3260539 | tcCGTACGCTATTAGGTTAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTa < 2:395187/150‑1 (MQ=255)tcCGTAAGCTATTCGGTTAAGGAGGGTGTTGATCTGCAGGGTCAATCCGCCACCCGGATGCTCACGGTATGGTGCAGTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTa < 1:2332138/150‑1 (MQ=255) aCGCTATTAGGTTAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTgca < 1:1893027/150‑3 (MQ=255) gCTATTAGGTTAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAATTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTACCAGTGAcca < 2:116793/150‑2 (MQ=255) tATTAGGTTAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTgg > 2:40720/1‑150 (MQ=255) ttAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGc < 1:315376/150‑1 (MQ=255) ttAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTACCAGTGACCAGGccttcac < 2:751156/150‑7 (MQ=255) gtgtCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCCAAGAGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTAACGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCctgc > 1:160578/1‑150 (MQ=255) gtgtCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCctgc > 2:1415428/1‑150 (MQ=255) ttCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAAt < 1:877542/150‑1 (MQ=255) ttCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAAt > 2:585882/1‑150 (MQ=255) ttCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAAt < 1:20001/150‑1 (MQ=255) cTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGt > 2:2370034/1‑150 (MQ=255) aCTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGt > 2:1808572/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGCAACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGtt > 1:22513/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACCGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTg > 1:1221941/1‑150 (MQ=255) aGGGTCAATCCGCGCACCGGCTGATAAAGGTGTTCGCTATTCGGTTCCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTc < 2:22513/150‑1 (MQ=255) aGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAgagatcg > 1:2318212/1‑144 (MQ=255) 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cTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCa > 1:1430490/1‑71 (MQ=255) cTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCa < 2:1430490/71‑1 (MQ=255) cTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGa > 2:471512/1‑128 (MQ=255) cTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTg > 1:1032652/1‑150 (MQ=255) cTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTg < 1:592415/150‑1 (MQ=255) cTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTg > 1:1804897/1‑150 (MQ=255) cTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTg > 1:1017744/1‑150 (MQ=255) tGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTgg < 2:807583/150‑1 (MQ=255) aaccgtCTGGTAGTGACCTGGAGATAGCCTGTTAGTATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTgg > 1:1139617‑M1/7‑150 (MQ=255) CTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTGGGTGTTg > 2:1931983‑M1/1‑150 (MQ=255) gTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTGGGTGTTGGCa > 2:983107/1‑150 (MQ=255) | TCCGTACGCTATTAGGTTAAGTGTCGTTCTTAACTGCAGGGTCAATCCGCGACCCGGATGCTCAAGGTGTTGGCCATTCGGTTTCCCACCCCGGCACTCTGGTTCAACTGGATCACCCCTCGGCTACCGGTGAAGGCCTGGTCACTGGTAGTGACCTGGCGATAGCCTGCTGGAATGTCAGTTGCTCCTGAGTTGTTGATCAGCGCCACGTTCTGTTGCATGAGGACGCTGTCGTCGATGCTTTGCGGTTGTGCACCAATGCTGATGCTCAGTGCGTTGGCTTGCTGGGTGTTGGCA > NC_002947/3260243‑3260539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |