| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 295,250 | T→C | 8.0% | L218P (CTC→CCC) | ssuB → | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 295,250 | 0 | T | C | 8.0% | 325.4 / 13.4 | 112 | L218P (CTC→CCC) | ssuB | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/52); new base C (6/3); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACG > NC_002947/295109‑295389 | tGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGAGCCCGACCTcg < 2:446576/150‑2 (MQ=255) aCCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCCCGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGGTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACt > 2:209974/1‑150 (MQ=255) ccGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt > 2:621078/1‑150 (MQ=255) ccGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt > 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gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt < 1:1975232/143‑1 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt > 2:1975232/1‑143 (MQ=255) agaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTgg < 1:1627738/150‑1 (MQ=255) gaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGc > 2:746056/1‑150 (MQ=255) aTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCa < 1:780137/150‑1 (MQ=255) 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tGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGaa < 2:880908/101‑1 (MQ=255) tGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGaa > 1:880908/1‑101 (MQ=255) tGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATc < 1:1243258/150‑1 (MQ=255) tCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTg > 1:1360261/1‑150 (MQ=255) tCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTg > 1:1773274/1‑150 (MQ=255) tGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGaa > 2:1644714/1‑95 (MQ=255) tGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGaa > 2:1874804/1‑95 (MQ=255) tCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGccc < 1:1844162/150‑1 (MQ=255) aCGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGc < 1:2146091/150‑1 (MQ=255) cagtgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCACGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGaaa < 1:1260438/76‑1 (MQ=38) gtgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCa > 1:201522/3‑150 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAAcc > 1:2268610/2‑92 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAAcc < 2:2268610/91‑1 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCAc > 1:671235/2‑150 (MQ=255) tgAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCAc > 1:703881/2‑150 (MQ=255) gAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGtt > 1:1373023/1‑96 (MQ=255) gAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGtt < 2:1373023/96‑1 (MQ=255) gAGGTCGAGCCCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACg > 2:1941547/1‑150 (MQ=255) gTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCAc < 2:2150331/146‑1 (MQ=255) tCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCaa < 2:1077330/79‑1 (MQ=255) tCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCaa > 1:1077330/1‑79 (MQ=255) | TGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACG > NC_002947/295109‑295389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |