Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 296,370 | C→A | 5.5% | A20S (GCG→TCG) | PP_0242 ← | TetR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 296,370 | 0 | C | A | 5.5% | 294.4 / 4.8 | 90 | A20S (GCG→TCG) | PP_0242 | TetR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/48); new base A (2/3); total (39/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 |
GCAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGC > NC_002947/296222‑296514 | gCAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGACGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGcc > 2:2323320/1‑150 (MQ=255) cAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCt < 2:584917/150‑1 (MQ=255) cAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCt < 2:168999/150‑1 (MQ=255) ccTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCAACCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGAC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATcctgg > 1:2299054/1‑150 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATcctggc > 1:2282087/1‑150 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGAGGCGATcctggc < 1:1342979/150‑1 (MQ=255) tCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAAGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCGAAGAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATcctggcc > 1:633384/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATcctggcctgg > 2:1472030/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGCCGGCACGCTGACGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATcctggcctgg < 1:2323320/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCAGGCCAGGATCGAGGCGATcctggcggctgcg < 2:99505/150‑8 (MQ=38) cGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGgc < 2:184876/150‑1 (MQ=255) ggCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGgcg < 2:51679/150‑1 (MQ=255) aaaaaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTgcgc > 1:2395343/1‑150 (MQ=255) aaaaaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTgcgc < 1:100852/150‑1 (MQ=255) aaaaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGcgcg < 2:1222833/150‑1 (MQ=255) aaaaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGcgcg < 1:952632/150‑1 (MQ=255) aaaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCgg > 2:766293/1‑150 (MQ=255) aaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCggg < 1:766293/150‑1 (MQ=255) 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gacgaAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCg > 2:516477/1‑149 (MQ=255) gacgaAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCg < 1:516477/149‑1 (MQ=255) gacgaAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCGGTAGATAGAACGTGCTGCCACCCCTTATTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGACCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCgg > 1:425939/1‑150 (MQ=255) ggCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtcatc > 1:741419/1‑150 (MQ=255) ggCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtcatc < 1:868170/150‑1 (MQ=255) 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cGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCa < 1:956996/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGGTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAg < 1:924456/150‑1 (MQ=255) tCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtcatc > 1:821716/1‑132 (MQ=255) tCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtcatc < 2:821716/132‑1 (MQ=255) ccACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCGATTTCTGATTGCCAGGATGCt > 2:2361293/1‑150 (MQ=255) 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gTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGAGGCGATcctggc > 1:1125176/1‑75 (MQ=38) agatagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTa < 2:1504465/150‑1 (MQ=255) atagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtcat > 2:736724/1‑116 (MQ=255) atagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtcat < 1:736724/116‑1 (MQ=255) tagaAAGTGCTGCCACGCTTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGgc < 2:792276/150‑1 (MQ=255) gaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAAct > 1:904468/1‑118 (MQ=255) 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aCGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGttt < 2:2105572/147‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCCGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGttt > 1:2105572/1‑147 (MQ=255) gcgacgcc‑‑gctAGGATCGCTTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTc > 2:600258/6‑150 (MQ=255) aGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAg < 2:1235782/119‑1 (MQ=255) aGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAg > 1:1235782/1‑119 (MQ=255) aGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGc > 2:2015883/1‑150 (MQ=255) cc‑‑gccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTc < 1:998468/150‑1 (MQ=255) gccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGaa > 2:1570321/1‑112 (MQ=255) gccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGaa < 1:1570321/112‑1 (MQ=255) gccAGGATCGAGGCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCgg > 1:183914/1‑150 (MQ=255) ccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGa < 1:1941509/150‑1 (MQ=255) gATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCgg < 2:1053330/45‑1 (MQ=255) gATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCgg > 1:1053330/1‑45 (MQ=255) gATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGc > 1:1042964/1‑150 (MQ=255) | GCAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCC‑‑GCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGC > NC_002947/296222‑296514 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |