Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,463,587 | G→C | 8.6% | L272V (CTG→GTG) | PP_3078 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,463,587 | 0 | G | C | 8.6% | 280.1 / 14.5 | 93 | L272V (CTG→GTG) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/41); new base C (4/4); total (48/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 |
CGTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCATT > NC_002947/3463440‑3463735 | cGTTGTAGCTCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGAGGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGt > 2:1739286/1‑150 (MQ=255) gTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTc > 1:880613/1‑150 (MQ=255) gTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGA‑TGGCGAGCAGGTc > 2:784075/1‑150 (MQ=255) ccAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAg < 2:1680604/139‑1 (MQ=255) ccAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAg > 1:1680604/1‑139 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGTGGGCACGTGACCTGcccg > 2:1669514/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCcca > 2:1485267/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCATAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCcca > 1:362322/1‑150 (MQ=255) aaGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAgg > 2:1915420/1‑138 (MQ=255) aaGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAgg < 1:1915420/138‑1 (MQ=255) aaGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCccac > 2:972639/1‑150 (MQ=255) aGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCccacc < 1:906226/150‑1 (MQ=255) ggTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGTGGGCACGTGACCTGCccgcca < 1:1669514/150‑1 (MQ=255) gtgtAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGCATGGTGGGCACGTGACCTGCccgcca < 1:548289/150‑1 (MQ=255) ggCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCgg > 2:918363/1‑150 (MQ=255) gCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTCCCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGGAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCggg < 2:1895847/150‑1 (MQ=255) cGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGtt < 2:880613/150‑1 (MQ=255) ggAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGGCGCGTTc > 2:2056019/1‑150 (MQ=255) 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tCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGAt < 1:336870/140‑1 (MQ=255) tCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGAt > 2:336870/1‑140 (MQ=255) gTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCTACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGtt < 1:120295/150‑1 (MQ=255) gTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGtt < 2:1144680/150‑1 (MQ=255) tAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTg > 1:366610/1‑150 (MQ=255) 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aGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGGTTGTTGAAGCCGGCAGAGTTGGCAAAGTGGCgcggct > 2:1035619/1‑150 (MQ=255) gCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGctgctg > 2:892523/1‑150 (MQ=255) gCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAg < 2:366610/150‑1 (MQ=255) gCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATCCGGTATGGCACGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAg < 1:784075/150‑1 (MQ=255) ccACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTg > 2:1260618/1‑129 (MQ=255) ccACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCAGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTg < 1:1260618/129‑1 (MQ=255) cACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGt > 1:836618/1‑150 (MQ=255) aCGGC‑TGGCCGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTAGGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTc < 1:716247/150‑1 (MQ=255) ggC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAg < 2:1813891/113‑1 (MQ=255) ggC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAg > 1:1813891/1‑113 (MQ=255) gC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTg < 2:2224234/150‑1 (MQ=255) c‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGATGCAGGTCGTGc < 1:2289624/150‑1 (MQ=255) tggtggGCACGTGACCTGCCCGCCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCt > 1:1825199/1‑150 (MQ=255) tGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCt > 2:1649600/1‑150 (MQ=255) gCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCg < 1:2190391/150‑1 (MQ=255) tgggCACGTGACCTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGtt > 2:741340/2‑118 (MQ=255) tgggCACGTGACCTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGtt < 1:741340/117‑1 (MQ=255) cGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCgg < 1:1035619/150‑1 (MQ=255) aGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTAGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCAtt < 1:1751028/150‑1 (MQ=255) | CGTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCATT > NC_002947/3463440‑3463735 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |