| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,463,590 | C→G | 9.1% | D271H (GAC→CAC) | PP_3078 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,463,590 | 0 | C | G | 9.1% | 259.5 / 12.5 | 89 | D271H (GAC→CAC) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/40); new base G (4/4); total (45/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
GTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCATTACCG > NC_002947/3463441‑3463739 | gTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTc > 1:880613/1‑150 (MQ=255)gTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGA‑TGGCGAGCAGGTc > 2:784075/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGTGGGCACGTGACCTGcccg > 2:1669514/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCcca > 2:1485267/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCATAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCcca > 1:362322/1‑150 (MQ=255) aaGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCccac > 2:972639/1‑150 (MQ=255) aGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCccacc < 1:906226/150‑1 (MQ=255) ggTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGTGGGCACGTGACCTGCccgcca < 1:1669514/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAg < 2:366610/150‑1 (MQ=255) gCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATCCGGTATGGCACGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAg < 1:784075/150‑1 (MQ=255) ccACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTg > 2:1260618/1‑129 (MQ=255) ccACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCAGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTg < 1:1260618/129‑1 (MQ=255) cACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGt > 1:836618/1‑150 (MQ=255) aCGGC‑TGGCCGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTAGGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTc < 1:716247/150‑1 (MQ=255) ggC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAg < 2:1813891/113‑1 (MQ=255) ggC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAg > 1:1813891/1‑113 (MQ=255) gC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTg < 2:2224234/150‑1 (MQ=255) c‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGATGCAGGTCGTGc < 1:2289624/150‑1 (MQ=255) tggtggGCACGTGACCTGCCCGCCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCt > 1:1825199/1‑150 (MQ=255) tGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCt > 2:1649600/1‑150 (MQ=255) gCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCg < 1:2190391/150‑1 (MQ=255) tgggCACGTGACCTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGtt < 1:741340/117‑1 (MQ=255) tgggCACGTGACCTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGtt > 2:741340/2‑118 (MQ=255) cGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCgg < 1:1035619/150‑1 (MQ=255) aGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTAGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCAtt < 1:1751028/150‑1 (MQ=255) tCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGTACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCATTAcc > 1:1813894/1‑150 (MQ=255) cACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCATTACCg < 1:1113118/150‑1 (MQ=255) | GTTGTAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGCATTACCG > NC_002947/3463441‑3463739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |