| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,551,117 | C→T | 7.3% | Q76* (CAG→TAG) | PP_3135 → | glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,551,117 | 0 | C | T | 7.3% | 275.1 / 4.5 | 96 | Q76* (CAG→TAG) | PP_3135 | glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/45); new base T (3/5); total (46/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCGGGCCGACAGCGAGCGGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGAT > NC_002947/3550971‑3551263 | gcCGGGCCGACAGCGAGCGGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAgt > 1:2182543/1‑150 (MQ=255)cccGGGCCGACAGCGAGCGGCTGGCCAGTTACCTGGTCGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAgt < 1:1110050/149‑1 (MQ=255) aCAGCGAGCGGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGgcgc > 2:770382/1‑150 (MQ=255) agcgagcgGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCAc < 2:1692146/150‑1 (MQ=255) tGGCCAGTTAACTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCa > 2:760754/1‑150 (MQ=255) cccAGTTACCTGTTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAg < 1:646829/149‑1 (MQ=255) gaGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTa > 2:408024/2‑150 (MQ=255) cAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGACGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTa > 1:1890477/1‑150 (MQ=255) aGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTAt < 1:1006425/150‑1 (MQ=255) aGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTAt > 1:922839/1‑150 (MQ=255) ttACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTGCTGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGc < 1:1869670/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCtt > 1:2277025/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACTGGTTGTTGgc > 2:900835/1‑125 (MQ=255) cTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAAGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACTGGTTGTTGgc < 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< 2:184839/150‑1 (MQ=255) tCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGcc > 1:1263147/1‑150 (MQ=255) cgATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGt < 2:922839/150‑1 (MQ=255) gATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACTAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGtt < 2:581845/150‑1 (MQ=255) gATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGACGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGtt < 2:1890477/150‑1 (MQ=255) tGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGa > 2:280794/1‑138 (MQ=255) 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ccGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGa < 1:408024/150‑1 (MQ=255) ccGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGa < 2:52052/150‑1 (MQ=255) gCCAACAACTGGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGt > 1:712458/1‑150 (MQ=255) gCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGAc < 2:932933/99‑1 (MQ=255) gCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGAc > 1:932933/1‑99 (MQ=255) caacaaCCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTa < 1:501596/127‑1 (MQ=255) caacaaCCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTa > 2:501596/1‑127 (MQ=255) caacaaCCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTcg > 2:724841/1‑150 (MQ=255) aacaacCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTcgc > 1:1540848/1‑150 (MQ=255) aacCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGAt < 1:143717/150‑1 (MQ=255) aacCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCCAt < 2:2363101/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTgcg > 2:141896/1‑116 (MQ=255) ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTgcg < 1:141896/116‑1 (MQ=255) cAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGt < 2:1189716/128‑1 (MQ=255) cAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGt > 1:1189716/1‑128 (MQ=255) | GCCGGGCCGACAGCGAGCGGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGAT > NC_002947/3550971‑3551263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |