| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,636,446 | A→T | 5.8% | I111F (ATC→TTC) | PP_3203 → | MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,636,446 | 0 | A | T | 5.8% | 312.3 / 5.5 | 104 | I111F (ATC→TTC) | PP_3203 | MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/48); new base T (3/3); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TCGCCTTGTTGGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCATGGGCGTGGGCGGTGCGCTG > NC_002947/3636297‑3636595 | tCGCCTTGTTGGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑Ca > 2:1970638/1‑150 (MQ=255)tCGCCTTGTTGGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑Ca > 2:1915823/1‑150 (MQ=255) gctttgtcgGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGGGAGCACTGCTGCTGCCGAGCATGTTGCGGTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATc < 1:919692/147‑1 (MQ=255) gCCTTGTTGGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CTTc > 2:1361059/1‑150 (MQ=255) ttgGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTg < 2:439087/150‑1 (MQ=255) ttgGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTg < 2:228636/150‑1 (MQ=255) gccgcTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CCTCGGCTTGGCCGa > 2:1796840/1‑150 (MQ=255) tGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCg < 2:2095177/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCg < 2:1073532/150‑1 (MQ=255) ggCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTNGTGCTGNTTGTCGCCAGCCNCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCgg < 1:1606354/150‑1 (MQ=255) ggCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCgg < 1:1288736/150‑1 (MQ=255) ccGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGca < 1:1112295/150‑1 (MQ=255) gggTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CTTCGGCCAAGCCGATGCCgg > 1:1822874/1‑145 (MQ=255) gggTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CTTCGGCCAAGCCGATGCCGGcgcgg < 1:1361059/150‑5 (MQ=255) cccGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGca < 1:939230/149‑1 (MQ=255) cGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGcacc > 2:2053547/1‑150 (MQ=255) gAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGcacca < 2:162343/150‑1 (MQ=255) ggggCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCt < 1:2053547/150‑1 (MQ=255) ggcggcGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTAGAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCgg > 1:1952745/1‑124 (MQ=255) ggcggcGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCgg < 2:1952745/124‑1 (MQ=255) cgAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCGGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATNGGCNTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGt < 1:1915823/150‑1 (MQ=255) aGCACTGCTGCTGGGGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGa < 2:1020487/150‑1 (MQ=255) aGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACCGCCTCTGCGCTTTGTTTCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGa < 1:1965793/150‑1 (MQ=255) aGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGa < 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> 1:788128/1‑150 (MQ=255) gCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAgc < 2:649981/150‑1 (MQ=255) tGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGCAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGc‑c > 1:335535/1‑150 (MQ=255) ggTTGCTCTACAGCCCGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGc‑c < 2:1681468/149‑1 (MQ=255) tctACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CTTCGGCCAAGCCGATGCCGGcgc < 1:340944/94‑3 (MQ=37) tctACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CTTCGGCCAAGCCGATGCCGGcgc > 2:340944/1‑92 (MQ=37) tctACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGgcgc > 2:250368/1‑150 (MQ=255) 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cTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCgttg > 1:1799273/1‑150 (MQ=255) gATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATg > 1:300936/1‑70 (MQ=255) gATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATg < 2:300936/70‑1 (MQ=255) aTTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTc < 2:1566881/150‑1 (MQ=255) aTTGTCGCCAGCCGAGCCGG‑AATCGGCTTCGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTc > 2:886018/1‑150 (MQ=255) ttGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCa > 1:1764425/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACg < 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cAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCAtgggcgt < 2:1764425/150‑1 (MQ=255) aGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCAtgggcgtg < 1:484070/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGt > 2:1247207/1‑43 (MQ=255) ccGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGt < 1:1247207/43‑1 (MQ=255) ccGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTggcggcg < 1:170538/130‑1 (MQ=255) gcgcCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGGTGATGGGTGACTACTTAGACGGACAGCGA‑AAGGGGATGTCTTTATAGTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCAtgggcgtgggcg > 1:172276/1‑150 (MQ=255) gcgcCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCAtgggcgtgggcg > 2:2143754/1‑150 (MQ=255) atgcCGG‑CTTCGGCCAAGCCTATGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGATTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTc < 1:2372741/93‑1 (MQ=37) cGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCAtggg < 2:777679/138‑1 (MQ=255) cGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCAtggg > 1:777679/1‑138 (MQ=255) cGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCATGGGCGTGGGCGGTgc > 1:2283328/1‑150 (MQ=255) cGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCATGGGCGTGGGCGGTgc > 1:983923/1‑150 (MQ=255) aTCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCATGGGCGTGGGCGGTGCGCTg > 1:1678666/1‑150 (MQ=255) | TCGCCTTGTTGGCGCCGCTGGCCGGGGTGTTGGCAGACCGAGTGGGGCGGCGAGCACTGCTGCTGGCGAGCATGTTGCTCTACAGCCTGTGCGGTTTGTTGCCGTTGTGGCTGGACTCGCTGGTGCTGATTGTCGCCAGCCGCGCCGG‑CATCGGCTTGGCCGAAGCCGGCATCATGACCTGTTGCACCACGCTGATGGGTGACTACTTCGACGGCCAGCGC‑CGGGCGCGGTTGTTCGCTTTGCAGATGGTGGTCACCTCATTGGCGGCGGCGTTGTTCATGGGCGTGGGCGGTGCGCTG > NC_002947/3636297‑3636595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |