| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,709,695 | T→C | 6.7% | S249G (AGC→GGC) | paaE ← | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase reductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,709,695 | 0 | T | C | 6.7% | 307.2 / 8.4 | 104 | S249G (AGC→GGC) | paaE | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/48); new base C (2/5); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGCCGATGGCATTGCCGGCGTCCAGCACGTTCTGGGTGTTGCGCGGCAGGTCGAAGCTCAGTGCCCGGCCGTCGCTGATCACGGTGATATGGCTAAGCGCCGA‑ATCCACCTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGAAAACAGCT > NC_002947/3709548‑3709844 | gcCGATGGCATTGCCGGCGTCCAGCACGTTCTGGGTGTTGCGCGGCAGGTCGAAGCTCGGTGCCCGGCCGTCGCTGATCACGGTGATATGGCTAAGCGCCGA‑ATCCACCTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGATCCTCGCTGcc < 2:1487968/150‑1 (MQ=255) gATGGCATTGCCGGCGTCCAGCACGTTCTGGGTGTTGCGCGGCAGGTCGAAGCTCAGTGCCCGGCCGTCGCTGATCACGGTGATATGGCTAAGCGCCGA‑ATCCACCTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCcggc > 1:2250712/1‑150 (MQ=255) cATTGCCGGCGTCCAGCACGTTCTGGGTGTTGCGCGGCAGGTCGAAGCTCAGTGCCCGGCCGTCGCTGATCACGGTGATATGGCTAAGCGCCGA‑ATCCACCTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCcggcggcgg > 2:1381665/1‑150 (MQ=255) 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cTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCcggcggcgg > 1:610532/1‑50 (MQ=255) cTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAAcgccgc > 1:2013641/1‑150 (MQ=255) cTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGGCTCGGTCATCGCCTGCGGTCCGCAGATGAAcgccgc > 2:1330360/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTc < 2:1810230/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCa > 2:605472/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGACCGCCGCGTCCAg < 1:1381665/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAg < 1:605472/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAg < 2:1358854/150‑1 (MQ=255) gccTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGa < 2:1189505/130‑1 (MQ=255) gccTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGa > 1:1189505/1‑130 (MQ=255) gccTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCg > 1:1178016/1‑150 (MQ=255) gccTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCg > 2:2359369/1‑150 (MQ=255) gccTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCg > 2:2346497/1‑150 (MQ=255) tCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCa > 2:1639015/1‑150 (MQ=255) tCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTACCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACAGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCcggccggcc > 2:443620/1‑149 (MQ=255) cACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCaa < 1:1775294/150‑1 (MQ=255) aCGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAAc > 2:1013794/1‑150 (MQ=255) ggcggGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAAcgccgc > 2:1644372/1‑124 (MQ=255) ggcggGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAAcgccgc < 1:1644372/124‑1 (MQ=255) ccTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAAc < 2:476194/113‑1 (MQ=255) ccTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAAc > 1:476194/1‑113 (MQ=255) ccTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGaaa > 1:1412220/1‑150 (MQ=255) catCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCGCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGaaa > 1:93688/3‑150 (MQ=255) cTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGaaaa < 1:1797349/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAAAGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGaaaa > 1:769796/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGACGTATGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGAAAAc > 1:1376429/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGAAAACAGCt < 1:1918755/150‑1 (MQ=255) | CGCCGATGGCATTGCCGGCGTCCAGCACGTTCTGGGTGTTGCGCGGCAGGTCGAAGCTCAGTGCCCGGCCGTCGCTGATCACGGTGATATGGCTAAGCGCCGA‑ATCCACCTGGCGTGCCGCCTCACGGGCTTCGCGGCGGGCCTCGCTGCCGGCGGCGGCGAACAGCTCGAAGTGA‑ATGCGTTCCTTGGCCATGCCGTTGGCCTGCAGGCTGTCACGCACGGTCTCGGTCATCGCCTGCGGGCCGCAGATGAACGCCGCGTCCAGGCCGGCAACGTCCAGCCAGCGCGAAAACAGCT > NC_002947/3709548‑3709844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |