| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,711,954 | T→C | 7.4% | S24G (AGC→GGC) | paaB ← | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase regulatory subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,711,954 | 0 | T | C | 7.4% | 275.0 / 8.7 | 94 | S24G (AGC→GGC) | paaB | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase regulatory subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/43); new base C (3/4); total (47/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
AGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACTGCGGCCTCGCG > NC_002947/3711807‑3712102 | aGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGc > 1:1448143/1‑150 (MQ=255) gggCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCAGCGTGCACGCCGCCGa < 1:844866/150‑1 (MQ=255) gggCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCAGCGTGCACGCCGCCGa < 1:545799/150‑1 (MQ=255) gCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACa > 1:1026311/1‑150 (MQ=255) ggTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGt < 2:1761388/150‑1 (MQ=255) ggTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGt < 2:330171/150‑1 (MQ=255) ttCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTgg > 1:2163518/1‑144 (MQ=255) ttCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTgg < 2:2163518/144‑1 (MQ=255) ttCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACGCACACCTTCGCTACGGCGGGTGGAGAGCGCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAgg < 2:971860/150‑1 (MQ=255) tctcGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCAGCGTGCACGCCGCCGat > 2:1591076/1‑132 (MQ=255) tctcGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCAGCGTGCACGCCGCCGat < 1:1591076/133‑2 (MQ=255) ctcGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGcc < 1:863605/150‑1 (MQ=255) cgtcgGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGt < 2:1026311/150‑1 (MQ=255) gtcgGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGtg > 2:1434658/1‑150 (MQ=255) gggAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGttt > 2:1803002/1‑132 (MQ=255) gggAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGttt < 1:1803002/132‑1 (MQ=255) gaggagGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTtgctg > 2:1315606/1‑150 (MQ=255) aggaggCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTtgctgc > 2:1491907/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cacCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGAtc > 1:2272533/1‑150 (MQ=255) acCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGAtct > 1:1516019/1‑150 (MQ=255) cTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTgg > 1:1578405/1‑86 (MQ=255) cTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTgg < 2:1578405/86‑1 (MQ=255) cTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTcc < 2:2207628/150‑1 (MQ=255) ttCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGGCCAGACAGCCATTTTCGATCTCCg > 1:1579560/1‑150 (MQ=255) 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gATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCCACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTaga < 2:338801/86‑1 (MQ=255) aTGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCt < 1:2387953/146‑1 (MQ=255) aTGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCt > 2:2387953/1‑146 (MQ=255) tGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGttgc < 2:1181378/150‑1 (MQ=255) cATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGttgcttgc > 2:94386/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACAGGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCCCGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGAAATTCTCGATAACGTCATCTAGCGCCAGCCAGTCCCCTTCCTTGTTCGGCTGCTTgcg > 2:1353550/1‑150 (MQ=255) cATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTTCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAg < 1:534985/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAgg > 1:567938/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAgg > 1:991888/1‑149 (MQ=255) tCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAgg < 2:991888/149‑1 (MQ=255) tCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGc < 2:934244/150‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGTGCACGCCGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGc > 2:1869759/1‑150 (MQ=255) ggcggcGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCa > 1:1235120/1‑150 (MQ=255) gCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACTGCGGcc < 2:1448143/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACTGCGGCCTcgc > 1:1632101/1‑150 (MQ=255) gCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACTGCGGCCTcgc < 2:1193942/150‑1 (MQ=255) cTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACTGCGGCCTcgcg > 1:1592863/1‑150 (MQ=255) | AGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACTGCGGCCTCGCG > NC_002947/3711807‑3712102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |